R语言 mosaics包 constructBins()函数中文帮助文档(中英文对照)

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constructBins(mosaics)
constructBins()所属R语言包：mosaics

                                         Construct bin-level ChIP-sep data from an aligned read file
                                         从对齐的读文件构建斌级芯片九月数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Preprocess and construct bin-level ChIP-sep data from an aligned read file.
预处理和建造的bin级芯片九月数据对齐的读文件。


用法----------Usage----------


constructBins( infileLoc=NULL, infileName=NULL, fileFormat=NULL, outfileLoc=infileLoc,
    byChr=FALSE, fragLen=200, binSize=fragLen, capping=0, perl = "perl" )



参数----------Arguments----------

参数：infileLoc
Directory of the aligned read file to be processed.  
对齐的读文件目录进行处理。


参数：infileName
Name of the aligned read file to be processed.  
对齐的读文件的名称来进行处理。


参数：fileFormat
Format of the aligned read file to be processed. Currently, constructBins permits the following aligned read file formats: "eland_result" (Eland result), "eland_extended" (Eland extended), "eland_export" (Eland export), "bowtie" (default Bowtie), "sam" (SAM), and "bed" (BED).  
对齐的读文件的格式进行处理。目前，constructBins允许不对齐的读下列文件格式："eland_result"（伊兰结果），"eland_extended"（伊兰扩展），"eland_export"（伊兰出口），"bowtie" （默认的蝴蝶结），"sam"（SAM）和"bed"（床）。


参数：outfileLoc
Directory of processed bin-level files.  By default, processed bin-level files are exported to the directory that the aligned read file is located.   
处理滨级的文件目录。默认情况下，处理的bin级文件远销对齐的读文件位于目录。


参数：byChr
Construct separate bin-level file for each chromosome?  Possible values are TRUE or FALSE. If byChr=FALSE, all chromosomes are exported into one file. Default is FALSE.  
每个染色体构建独立的bin级别的文件？可能的值是TRUE或FALSE。如果byChr=FALSE，所有的染色体都导出到一个文件中。默认FALSE。


参数：fragLen
Average fragment length. Default is 200.  
平均片段长度。默认是200。


参数：binSize
Size of bins. By default, bin size equals to fragLen (average fragment length).  
箱的大小。默认情况下，箱大小等于fragLen（平均片段长度）。


参数：capping
Maximum number of reads allowed to start at each nucleotide position.  To avoid potential PCR amplification artifacts, the maximum number of reads that can start at a nucleotide position is capped at capping.  Capping is not applied if non-positive capping is used. Default is 0 (no capping).  
读取允许的最大数量，开始在每个核苷酸的位置。为了避免潜在的PCR扩增文物，在核苷酸位置，就可以开始读取的最大数量的上限是在capping。不适用，如果非正capping用于封顶。默认为0（没有上限）。


参数：perl
Name of the perl executable to be called. Default is "perl".  
被称为Perl的可执行文件的名称。默认"perl"。


Details

详情----------Details----------

Bin-level files are constructred from the aligned read file and exported to outfileLoc. If byChr=FALSE, bin-level files are named  as [infileName]_fragL[fragLen]_bin[binSize].txt, If byChr=TRUE, bin-level files are named  as [chrID]_[infileName]_fragL[fragLen]_bin[binSize].txt, where [chrID] is chromosome ID that reads align to. These chromosome IDs are extracted from the aligned read file. Constructed bin-level files can be loaded into the R environment using the method readBins.
斌级文件对齐的读文件从constructred出口outfileLoc。如果byChr=FALSE，宾级的文件被命名为[infileName]_fragL[fragLen]_bin[binSize].txt如果byChr=TRUE斌级文件[chrID]_[infileName]_fragL[fragLen]_bin[binSize].txt，其中[chrID]是染色体的ID命名读取对齐。这些染色体的ID提取对齐的读文件。构建斌级文件可以加载到R的环境中使用的方法readBins。

constructBins currently supports the following aligned read file formats:  Eland result ("eland_result"), Eland extended ("eland_extended"), Eland export ("eland_export"), default Bowtie ("bowtie"),  SAM ("sam"), and BED ("bed"). This method assumes that these aligned read files are obtained from single-end tag (SET) experiments and retains only reads mapping uniquely to the reference genome.
constructBins目前支持对齐的读文件格式如下：的伊兰结果（"eland_result"），：伊兰扩展（"eland_extended"），：伊兰出口（"eland_export"），默认领结（<X >），SAM（"bowtie"），床（"sam"）。此方法假定，从单端标签（套）实验获得这些对齐的读文件，并保留只读取映射唯一的参考基因组。


值----------Value----------

Processed bin-level files are exported to the directory specified in outfileLoc.
斌级处理的文件导出到指定的目录outfileLoc。


作者（S）----------Author(s)----------


Dongjun Chung, Pei Fen Kuan, Sunduz Keles



参考文献----------References----------

"A Statistical Framework for the Analysis of ChIP-Seq Data",  Journal of the American Statistical Association, Vol. 106, pp. 891-903.

参见----------See Also----------

readBins, BinData.
readBins，BinData。


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
constructBins( infileLoc="/scratch/eland/",
    infileName="STAT1_eland_results.txt",
    fileFormat="eland_result", outfileLoc=infileLoc,
    byChr=FALSE, fragLen=200, binSize=fragLen, capping=0 )

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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