R语言 MmPalateMiRNA包 MAplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

MAplot(MmPalateMiRNA)
MAplot()所属R语言包：MmPalateMiRNA

                                        MA plot
                                         主图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots of the log2 expression ratios (M values) versus the mean log2 expression values (A values) for each probe for each array.  
图log2表达率（M值）对每个探针的log2表达的平均值（A值）为每个阵列。


用法----------Usage----------


MAplot(x, ...)

## S4 method for signature 'MAList'
MAplot(
    x,
    ...)

## S4 method for signature 'NChannelSet'
MAplot(
    x,
    ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
Either an MAList object  or an NChannelSet object
一个MAList对象或NChannelSet对象的


参数：...
arguments to pass to xyplot   
参数传递xyplot


Details

详情----------Details----------

The  so-called "MA" plot can be used to evaluate whether their is a bias associated with overall intenstity level for each array.  Loess smoothed regression lines are superimposed on each plot to demonstrate the trend.
所谓的“马”的图，可以用来评估是否他们是与每个阵列的整体intenstity水平相关联的偏见。黄土平滑回归线叠加在每个图展示的趋势。


方法----------Methods----------

M and A values are stored as matrices in x
M和A值存储为矩阵x

M and A values are calculated from the R and G matrices returned by assayData(x)
M和A和R返回G矩阵计算assayData(x)值


参见----------See Also----------

densityplot for density plots of log2 intensity values, levelplot for pairwise distance plots between arrays,  and MADvsMedianPlot for median absolute deviation versus median plots.
densityplot的log2强度值密度图，levelplot阵列，MADvsMedianPlot位数绝对偏差与中位数的图之间成对距离图。


举例----------Examples----------


data(PalateData)
reducedSet <- filterArray(PalateData, keep=c("MIR", "LET", "POSCON", "CALIB"),
                          frac=1.1, number=3, reps=4)
ndata.quantile <- normalizeBetweenArrays(reducedSet, method="quantile")
res <- MAplot(ndata.quantile)
print(res)

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