R语言 MmPalateMiRNA包 levelplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

levelplot(MmPalateMiRNA)
levelplot()所属R语言包：MmPalateMiRNA

                                        Pairwise distance between arrays
                                         在阵列之间的两两距离

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates and plots the pairwise distance between arrays, as measured by the median of the absolute differences in log2 intensity values.
计算和图之间的阵列，以log2强度值的绝对差异的中位数来衡量成对距离。


用法----------Usage----------



## S4 method for signature 'RGList,missing'
levelplot(
    x,
    channel=c("G", "R"),
    group=NULL,
    subset=NULL,
    ...)

## S4 method for signature 'list,missing'
levelplot(
    x,
    channel=c("G", "R"),
    order=NULL,
    ...)




参数----------Arguments----------

参数：x
Either an RGList object, or a list containing MAList and/or NChannelSet objects
要么RGList对象，或列表，其中包含MAList和/或NChannelSet对象


参数：channel
The channel to use for calculating distances, one of either "G" (green or control channel) or "R" (red or experimental channel)
用于计算距离，要么的“G”（绿色或控制通道）或“R”（红色或实验通道）之一的通道


参数：group
An optional character string specifying the name of a factor to create separate panel displays, which must be in x$genes (for RGList objects)
一个可选的字符串，指定的名称来创建独立的显示器，必须在x$genes（RGList对象的一个因素）


参数：subset
An optional character vector specifying the which levels of group to use in creating separate panel displays
一个可选的特征向量，指定在创建单独的显示器group使用水平


参数：order
An optional numeric vector specifying the order of the arrays to use in producing the distance plots, i.e. for grouping certain arrays together
指定阵列的顺序，将某些阵列组合在一起，即在生产的距离图使用一个可选的数字向量


参数：...
arguments to pass to levelplot
参数传递levelplot


方法----------Methods----------

For RGList objects, separate panel displays  can be produced for different types of probes, as determined by the group argument.  
为RGList对象，不同的显示器可以group参数确定，不同类型的探针产生的。

The method for list objects is intended to work with lists of normalized data sets, as either  MAList or  NChannelSet objects.  This method will produce separate panel displays for each normalized data set.
list对象是为了工作的规范化的数据集列表，要么MAList或NChannelSet对象，方法。这种方法会产生单独的显示器，每一套规范化的数据。


参考文献----------References----------

C. Drescher, W. Huber, R. Gentleman, and M. Tewari. Quality assessment and data analysis for microRNA expression arrays. Nucleic Acids Res, 37(2):e17, 2009.

参见----------See Also----------

densityplot for density plots of log2 intensity values, MADvsMedianPlot for median absolute deviation versus median plots, and  MAplot for MA plots
densityplot的log2强度值密度图，MADvsMedianPlot位数绝对偏差与中位数的图，MAplot主图


举例----------Examples----------


data(PalateData)
res <- levelplot(PalateData[, c(1,5,9,2:4,6:8)],
                 channel="G", group="probe.type",
                 subset=c("MMU miRNAs", "Other miRNAs", "Control", "Empty"),
                 scales = list(rot=c(45, 45)))
print(res)

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