MLP(MLP)
MLP()所属R语言包：MLP
This function calculates p-values for each gene set based on row permutations...
此函数计算每个设置的基础上连续排列的基因p值...
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function calculates p-values for each gene set based on row permutations of the gene p values or column permutations of the expression matrix; the p values can be obtained either as individual gene set p values or p values based on smoothing
此函数计算为每个基因的基因p值或列排列的表达矩阵的行排列的基础上设置的p值，p值可以得到要么作为个人基因组P值或p值的基础上平滑
用法----------Usage----------
nPermutations=100, smoothPValues=TRUE, probabilityVector=c(0.5,
0.9, 0.95, 0.99, 0.999, 0.9999, 0.99999), df=9,
addGeneSetDescription=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：geneSet
is the input list of gene sets (components) and gene IDs (character vectors). A gene set can, for example, be a GO category with for each category Entrez Gene identifiers; The getGeneSets function can be used to construct the geneSet argument for different pathway sources.
是基因组（组件）和基因标识（特征向量）的输入列表。例如，基因组可以是一个好类别，每个类别Entrez基因标识符getGeneSets功能，可以用来构建不同的途径来源geneSet参数。
参数：geneStatistic
is either a named numeric vector (if rowPermutations is TRUE) or a numeric matrix of pvalues (if rowPermutations is FALSE). The names of the numeric vector or row names of the matrix should represent the gene IDs.
要么是一个名为数字向量（如果rowPermutations是TRUE）或一个pvalues的数值矩阵（如果rowPermutations是FALSE）。数字向量或矩阵的行名的名称应该代表的基因标识。
参数：minGenes
minimum number of genes in a gene set for it to be considered (lower threshold for gene set size)
最小的基因数量设置在一个基因，它被视为（基因组大小，降低阈值）
参数：maxGenes
maximum number of genes in a gene set for it to be considered (upper threshold for gene set size)
最大的基因在基因的设定，它被视为（基因组大小的上限阈值）
参数：rowPermutations
logical indicating whether to use row permutations (TRUE; default) or column permutations (FALSE)
逻辑说明是否使用行排列（TRUE，默认）或列排列（假）
参数：nPermutations
is the number of simulations. By default 100 permutations are conducted.
是模拟的数量。 100默认情况下，进行排列。
参数：smoothPValues
logical indicating whether one wants to calculate smoothed cut-off thresholds (TRUE; default) or not (FALSE).
逻辑表明，一个人是否要计算平滑切断阈值（TRUE，默认）或否（false）。
参数：probabilityVector
vector of quantiles at which p values for each gene set are desired
向量在每个基因组的p值所需的位数
参数：df
degrees of freedom for the smooth.spline function used in getSmoothedPValues
自由度在getSmoothedPValues smooth.spline功能的
参数：addGeneSetDescription
logical indicating whether a column with the gene set description be added to the output data frame; defaults to TRUE.
逻辑指示是否与基因组描述的列被添加到输出数据框，默认为true。
值----------Value----------
data frame with four (or five) columns: totalGeneSetSize, testedGeneSetSize, geneSetStatistic and geneSetPValue and (if addDescription is set to TRUE) geneSetDescription; the rows of the data frame are ordered by
数据框的四个（或五个）列：totalGeneSetSize，testedGeneSetSize，geneSetStatistic和geneSetPValue（，如果addDescription被设置为TRUE）geneSetDescription;数据框的行排序
参考文献----------References----------
举例----------Examples----------
pathExampleGeneSet <- system.file("exampleFiles", "exampleGeneSet.rda", package = "MLP")
pathExamplePValues <- system.file("exampleFiles", "examplePValues.rda", package = "MLP")
load(pathExampleGeneSet)
load(pathExamplePValues)
head(examplePValues)
head(exampleGeneSet)
mlpResult <- MLP(geneSet = exampleGeneSet, geneStatistic = examplePValues)
head(mlpResult)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 01:05:34
