R语言 minfi包 IlluminaMethylationManifest-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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IlluminaMethylationManifest-class(minfi)
IlluminaMethylationManifest-class()所属R语言包：minfi

                                        Class "IlluminaMethylationManifest"
                                         类“IlluminaMethylationManifest”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a class for representing an Illumina methylation microarray design, ie. the physical location and the probe sequences.
这是一类为代表的Illumina的甲基化芯片设计，即。物理位置和探针序列。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("IlluminaMethylationManifest", ...), but the preferred way is to use manifestNew().
可以通过检测的形式new("IlluminaMethylationManifest", ...)创建对象，但首选的方法是使用manifestNew()。


插槽----------Slots----------




data: This environment holds the design objects.  See details.
data：持有此环境设计对象。查看详情。




annotation: A character vector giving the annotation name.
annotation：一个特征向量，给予注释的名称。


Details

详情----------Details----------

The data slot contains the following objects: TypeI, TypeII and TypeControl which are all of class data.frame, describing the array design.
data插槽包含以下对象：TypeI，TypeII和TypeControl类data.frame，描述了阵列设计。

Methylation loci of type I are measured using two different probes, in either the red or the green channel.  The columns AddressA, AddresB describes the physical location of the two probes on the array (with ProbeSeqA, ProbeSeqB giving the probe sequences), and the column Color describes which color channel is used.
类型的甲基化位点，我使用两种不同的探针，在红色或绿色通道，测量。列AddressA，AddresB介绍的两个探测器阵列上的物理位置（用ProbeSeqA，ProbeSeqB探针序列），列Color 介绍使用哪个颜色通道。

Methylation loci of type II are measured using a single probe, but with two different color channels.  The methylation signal is always measured in the green channel.
II型的甲基化位点均采用一个探针，但有两个不同的颜色通道。甲基化信号测量中的绿色通道。


方法----------Methods----------




show: The show method.
show：Show方法。


作者（S）----------Author(s)----------



Kasper Daniel Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>.




参见----------See Also----------

getProbeData
getProbeData


举例----------Examples----------


if(require(IlluminaHumanMethylation450kmanifest)) {

show(IlluminaHumanMethylation450kmanifest)
head(getProbeInfo(IlluminaHumanMethylation450kmanifest, type = "I"))
head(IlluminaHumanMethylation450kmanifest@data$TypeI)
head(IlluminaHumanMethylation450kmanifest@data$TypeII)
head(IlluminaHumanMethylation450kmanifest@data$TypeControl)

}

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