R语言 minfi包 getProbeData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getProbeData(minfi)
getProbeData()所属R语言包：minfi

                                         Utility functions for retrieving array design information for Illumina methylation microarrays.
                                         阵列Illumina的甲基化芯片的设计信息检索实用功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A set of functions for retrieving array design information for Illumina methylation microarrays.
一组Illumina的甲基化芯片阵列设计信息检索功能。


用法----------Usage----------


getProbeData(object)
getProbeInfo(object, type = c("I", "II", "Control", "I-Green", "I-Red"))
getManifestInfo(object, type = c("nLoci", "locusNames"))
getControlAddress(object, controlType = c("NORM_A", "NORM_C", "NORM_G", "NORM_T"))



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of either class "RGChannelSet" or "RGChannelSetExtended" or "IlluminaMethylationManifest".  In case a data object is given (the two former possibilities), the associated manifest object is retrieved and used to obtain the information.
一个对象或者类"RGChannelSet"或"RGChannelSetExtended"或"IlluminaMethylationManifest"。相关的列表对象的情况下，给出了一个数据对象（前两种可能性），检索和使用获得的信息。


参数：type
A single character describing what kind of information should be returned.  For getProbeInfo it represents the following subtypes of probes on the array: Type I, Type II, Controls as well as Type I (methylation measured in the Green channel) and Type II (methylation measured in the Red channel).  For getManifestInfo it represents either the number of methylation loci (approx. number of CpGs) on the array or the locus names.
什么样的信息应该返回一个字符描述。 getProbeInfo它代表阵列探针以下亚型：I型，II型，控制以及类型我（甲基化在绿色通道测量）和II型（红色通道测量甲基）。 getManifestInfo代表阵列或所在地名称的甲基化位点（约数的CPGs）的数量。


参数：controlType
A character vector of control types.
控制类型的一个特征向量。


值----------Value----------

getProbeData returns the data slot of the manifest object (mostly for internal use).  getProbeInfo returns a "data.frame", getManifestInfo returns either a single number of a character vector and getControlAddress returns a vector of addresses (probe locations).
getProbeData返回的数据槽列表对象（主要是供内部使用）。 getProbeInfo返回一个"data.frame"，getManifestInfo返回一个单数的特征向量和getControlAddress返回向量的地址（探针位置）。


作者（S）----------Author(s)----------



Kasper Daniel Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>.




举例----------Examples----------


if (require(minfiData)) {

info <- getProbeInfo(RGsetEx, type = c("I"))
head(info)
info <- getProbeInfo(RGsetEx, type = c("Control"))
head(info)

}

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