R语言 minfi包 detectionP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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detectionP(minfi)
detectionP()所属R语言包：minfi

                                         Detection p-values for all probed genomic positions.
                                         对所有检测的p值，探讨基因组的位置。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function identifies failed positions defined as both the methylated and unmethylated channel reporting background signal levels.
此功能标识失败的位置定义为甲基化和甲基化的渠道报告的背景信号水平。


用法----------Usage----------


detectionP(rgSet, type = "m+u")



参数----------Arguments----------

参数：rgSet
An RGChannelSet.
RGChannelSet。


参数：type
How to calculate p-values. Only m+u is currently implemented (See details).
如何计算p值。只m+u目前正在实施（见详情）。


Details

详情----------Details----------

A detection p-value is returned for every genomic position in every sample. Small p-values indicate a good position. Positions with non-significant p-values (typically >0.01) should not be trusted.
检测P-值，则返回为每个样品中每个基因组的位置。小p值表明一个很好的位置。与非显着的p值（通常> 0.01）的立场，不应该被信任。

The m+u method compares the total DNA signal (Methylated + Unmethylated) for each position to the background signal level. The background is estimated using negative control positions, assuming a normal distribution. Calculations are performed on the original (non-log) scale.
m+u方法比较总DNA为每个位置的背景信号水平信号（甲基+甲基化）。背景估计使用负控制仓位，假设正态分布。原始（非log）的规模上进行计算。

This function is different from the detection routine in Genome Studio.
此功能在基因组工作室的检测程序是不同的。


值----------Value----------

A matrix with detection p-values.
与检测p-值的矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <a href="mailto:aryee@jhu.edu">aryee@jhu.edu</a>.




举例----------Examples----------


if (require(minfiData)) {

detP <- detectionP(RGsetEx)
failed <- detP>0.01
colMeans(failed) # Fraction of failed positions per sample[分数的失败，每个样品位置]
sum(rowMeans(failed)&gt;0.5) # How many positions failed in &gt;50% of samples?[多少个职位未能在50％的样本？]

}

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