readGAF(mgsa)
readGAF()所属R语言包：mgsa
Read a Gene Ontology annotation file
读了基因本体论注释文件
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Creates a MgsaGoSets using gene ontology annotations provided by a file in GAF 1.0 or 2.0
创建一个使用基因本体注释的GAF 1.0或2.0的文件提供的MgsaGoSets
用法----------Usage----------
readGAF(filename, evidence=NULL, aspect=c("P", "F", "C"))
参数----------Arguments----------
参数：filename
The name of the Gene Ontology annotation file. It must be in the GAF 1.0 or 2.0 format. It may be gzip-compressed.
基因本体论注释文件的名称。它必须是在GAF型1.0或2.0格式。这可能是gzip压缩。
参数：evidence
character or NULL. Only annotations with evidence code in evidence are returned. If NULL (default), annotations of all evidence codes are returned.
character或NULL。只有证据evidence代码的注释返回。如果NULL（默认），所有证据代码的注释返回。
参数：aspect
character with values in P, C or F. Only annotations of the listed GO namespaces P (biological process), F (molecular function) or C (cellular component) are returned. By default, annotations of the three namespaces are returned.
characterP（下生物过程），F（下分子功能）或C（单元成分）值在P，C或F.上市的GO命名空间只有注释返回。默认情况下，返回三个命名空间的注解。
Details
详情----------Details----------
The function extracts from the annotation file all direct gene annotations and infers from the Gene Ontology all the indirect annotations (due to term relationships).
函数从注释文件中提取的所有直接从基因本体所有间接注释（由于术语的关系）的基因注释，并推断。
值----------Value----------
An MgsaGoSets object.
MgsaGoSets对象。
参考文献----------References----------
The GAF file format: http://www.geneontology.org/GO.format.annotation.shtml
参见----------See Also----------
MgsaGoSets, mgsa
MgsaGoSets，mgsa
举例----------Examples----------
gofile = system.file("example_files/gene_association_head.sgd", package="mgsa")
readGAF(gofile)
## only annoations infered from experiment or a direct assay[＃只annoations从实验或直接法推导]
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 00:53:03
