R语言 mgsa包 MgsaSets-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MgsaSets-class(mgsa)
MgsaSets-class()所属R语言包：mgsa

                                        Sets of items and their annotations
                                         套项目及其说明

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class describes sets, items and their annotations.
这个类描述套，项目及其说明。


Details

详情----------Details----------

Internally, the method mgsa indexes all elements of the sets before fitting the model. In case mgsa must be run on several observations with the same gene sets, computations can be speeded up by performing this indexing once for all. This can be achieved by building a MgsaSets. In order to ensure consistency of the indexing, no replace method for any slot is provided. Accessors are available.
内部，该方法mgsa拟合模型前，集所有元素的索引。 mgsa必须运行相同的基因组若干意见的情况下，计算可以加快执行的所有索引一次。这可以通过建立一个MgsaSets。为了保证索引的一致性，没有提供任何插槽取代方法。访问器是可用的。

The data frames setAnnotations and itemAnnotations allow to store annotations. No constraint is imposed on the number and names of their columns.
数据框setAnnotations和itemAnnotations让储存注解。没有约束规定的数量和它们的列名。


插槽----------Slots----------




sets: (list) A list whose elements are vector of item indices.
sets（list）一个列表，其元素项指标的向量。




itemName2ItemIndex: (integer) The mapping of item names to index.
itemName2ItemIndex（integer）项目名称映射到索引。




numberOfItems: (integer) How many items?
numberOfItems：（integer）多少个项目？




setAnnotations: (data.frame) Annotations of the sets. The rownames are set names.
setAnnotations：（data.frame）集的注解。 rownames设置的名称。




itemAnnotations: (data.frame) Annotations of the items. The rownames are item names.
itemAnnotations：（data.frame）项目的说明。 rownames项目名称。


方法----------Methods----------




initialize signature( = "MgsaSets"): Initializes the mapping when some parameters are not specified
initializesignature( = "MgsaSets")：初始化时没有指定一些参数映射




itemAnnotations
itemAnnotations

itemAnnotations
itemAnnotations

setAnnotations
setAnnotations

setAnnotations
setAnnotations

length signature( = "MgsaSets"): Length (number of sets) of MgsaSets.
lengthsignature( = "MgsaSets")：MgsaSets长度（套）。




itemIndices
itemIndices

itemIndices
itemIndices

show signature( = "MgsaSets"): Show an MgsaSets.
showsignature( = "MgsaSets")：显示MgsaSets。


参见----------See Also----------

MgsaGoSets, readGAF, mgsa
MgsaGoSets，readGAF，mgsa


举例----------Examples----------



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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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