mfuzz.plot(Mfuzz)
mfuzz.plot()所属R语言包:Mfuzz
Plotting results for soft clustering
绘图软聚类结果
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function visualises the clusters
此功能形象化聚类
用法----------Usage----------
mfuzz.plot(eset,cl,mfrow=c(1,1),colo,min.mem=0,time.labels,new.window=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数:eset
object of the classExpressionSet.
对象的classExpressionSet。
参数:cl
object of class flclust.
对象类flclust。
参数:mfrow
determines splitting of graphic window.
确定图形窗口的分裂。
参数:colo
color palette to be used for plotting. If the color argument remains empty, the default palette is used.
调色板可用于绘制。如果颜色参数仍然是空的,默认的调色板使用。
参数:min.mem
Genes with membership values below min.mem will not be displayed.
下面min.mem成员值的基因不会被显示出来。
参数:time.labels
labels can be given for the time axis.
标签可以给定的时间轴线。
参数:new.window
should a new window be opened for graphics.
要打开一个新的窗口图形。
值----------Value----------
The function generates plots where the membership of genes
函数生成图基因的成员
作者(S)----------Author(s)----------
Matthias E. Futschik (<a href="http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik">http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik</a>)
举例----------Examples----------
if (interactive()){
data(yeast)
# Data pre-processing[数据预处理]
yeastF <- filter.NA(yeast)
yeastF <- fill.NA(yeastF)
yeastF <- standardise(yeastF)
# Soft clustering and visualisation[软聚类和可视化]
cl <- mfuzz(yeastF,c=20,m=1.25)
mfuzz.plot(yeastF,cl=cl,mfrow=c(2,2))
# display of cluster cores with alpha = 0.5[显示聚类核心与α= 0.5]
mfuzz.plot(yeastF,cl=cl,mfrow=c(2,2),min.mem=0.5)
# display of cluster cores with alpha = 0.7[显示聚类核心与α= 0.7]
mfuzz.plot(yeastF,cl=cl,mfrow=c(2,2),min.mem=0.7)
}
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注:
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注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
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