R语言 methylumi包 methylumiR()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

methylumiR(methylumi)
methylumiR()所属R语言包：methylumi

                                         Load data from Illumina methylation platform
                                         从Illumina的甲基化平台的负载数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is useful for loading Illumina methylation data into a MethyLumiSet object.  Sample information can be supplied and will then be incorporated into the resulting phenoData slot.
此功能是用于Illumina的甲基化数据加载成MethyLumiSet对象。可提供样品信息，将被纳入到phenoData插槽。


用法----------Usage----------


methylumiR(filename,qcfile=NULL,sampleDescriptions = NULL,...)



参数----------Arguments----------

参数：filename
A filename of the excel-like file from BeadStudio  
一个从BeadStudio文件名类似Excel文件


参数：qcfile
A filename of the excel-like file from BeadStudio  
一个从BeadStudio文件名类似Excel文件


参数：sampleDescriptions
A data.frame that contains at least one column, SampleID (case insensitive).  This column MUST match the part of the column headers before the .Avg_Beta, etc.  Also, if a column called SampleLabel (case insensitive), it is used for sample labels, IF the sampleLabel column contains unique identifiers
数据框包含至少一列，SampleID（不区分大小写）。此列必须匹配之前.Avg_Beta等列标题的一部分，如果列称为SampleLabel（不区分大小写），它被用于样品标签，，中频sampleLabel列包含唯一标识符


参数：...
Passed into read.delim()
传递到read.delim()


Details

详情----------Details----------

Used to construct a MethyLumiSet object....
用于构建一个MethyLumiSet对象......


值----------Value----------

A MethyLumiSet object
一个MethyLumiSet对象


作者（S）----------Author(s)----------


Sean Davis <sdavis2@mail.nih.gov>



参见----------See Also----------

MethyLumiSet-class, MethyLumiQC-class
MethyLumiSet-class，MethyLumiQC-class


举例----------Examples----------


## Read in sample information[＃样品信息阅读]
samps <- read.table(system.file("extdata/samples.txt",
                                package = "methylumi"),sep="\t",header=TRUE)
## Perform the actual data reading[＃执行实际的数据读]
## This is an example of reading data from an [＃这是从一个读取数据的一个例子]
## Sentrix Array format file (actually two files,[的＃Sentrix阵列格式的文件（实际上是两个文件，]
## one for data and one for QC probes)[一个用于数据和质控探针）]
mldat <- methylumiR(system.file('extdata/exampledata.samples.txt',package='methylumi'),
                    qcfile=system.file('extdata/exampledata.controls.txt',package="methylumi"),
                    sampleDescriptions=samps)
mldat

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