R语言 methVisual包 MethAlignNW()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MethAlignNW(methVisual)
MethAlignNW()所属R语言包：methVisual

                                        Summary of methylation states
                                         甲基化状态的摘要

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Summarize the methylation states after calculating pairwise alignments of each examined sequences and the genomic sequence
汇总计算每个检查的序列和基因组序列的两两比对后的甲基化状态


用法----------Usage----------


MethAlignNW(refSeq, QCdata, alignment)



参数----------Arguments----------

参数：refSeq
String; Genomic sequence as String format
字符串格式字符串;基因组序列


参数：QCdata
Data frame;  Names and paths of analysed sequences after quality control
数据框;质量控制分析序列后的名称和路径


参数：alignment
If TRUE, alignments are included in summery, else not included
如果是TRUE，路线包括在夏日，否则不包括


Details

详情----------Details----------

Given aligned sequences after quality control, the function returns a list object with the following data: sequences name, methylation state on CpG position, start and end position of alignments and length of genomic sequence. The data includes the core information for the exploratory analysis and visualizations.
鉴于质量控制后的序列，函数返回一个列表对象具有下列数据：名称序列，甲基化的CpG位置上的状态，开始和结束位置的路线和基因组序列的长度。这些数据包括探索性分析和可视化的核心信息。


值----------Value----------

Returns a summery on sequence alignments and methylation states
返回一个序列和甲基化状态的夏日


作者（S）----------Author(s)----------


Arie Zackay <arie.zackay@mail.huji.ac.il>, Christine Steinhoff <steinhof@molgen.mpg.de>



举例----------Examples----------


## In order to use the following example [＃为了使用下面的例子]
## make sure that you have writing permission under R.home()[＃确保您已经下R.home书面许可（）]
## directory. If you do not have permission choose your own path. [＃目录。如果你没有权限选择自己的路。]
dir.create(file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer"))
makeLocalExpDir(dataPath="/examples/BiqAnalyzer",
        localDir=file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer"))
datameth <-MethDataInput(file.path(R.home(component="home"),
                        "/BiqAnalyzer/PathFileTab.txt"))
refseq <- selectRefSeq(file.path(R.home(component="home"),
                        "/BiqAnalyzer/Master_Sequence.txt"))
QCdata <- MethylQC(refseq, datameth)
methData <- MethAlignNW( refseq , QCdata)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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