R语言 methVisual包 matrixSNP()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

matrixSNP(methVisual)
matrixSNP()所属R语言包：methVisual

                                        Correlation between methylation states
                                         甲基化状态之间的相关性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Correlation between methylation states for each CpG position and each sequence under study
每个CpG基的位置和所研究的每个序列甲基化状态之间的相关性研究


用法----------Usage----------


matrixSNP(methData,correlation)



参数----------Arguments----------

参数：methData
List; contains information on the pairwise alignments, and methylated CpG motifs.
名单包含成对的路线，和甲基化的CpG基序的信息。


参数：correlation
calculation of corraltion on Matrix, if TRUE: calculation of spearman correlation matrix. if FALSE: computes a matrix with absolut numberes of methylation over all CpG position given methylation in a certain CpG sites.
计算corraltion上，如果属实：矩阵计算Spearman相关矩阵。如果为FALSE：计算矩阵甲基ABSOLUT numberes超过给予一定的CpG位点的甲基化的CpG位置。


Details

详情----------Details----------

The function enable the user to explore cooccurrence between non neighbored CpG sites, which can be made by calculating all pairwise cooccurrences, due to correlation over all methylation CpG sites. Furthermore it is possible to display the computed distance cooccurrences in a plot containing all CpG sites and their correlation with other CpG sites. The correlation values are color coded (gray levels) and the color coding bar is given beside the graph. The red numbers in the diagonal give the genomic position of each displayed CpG site.
的功能，使用户能够探索非相邻的CpG位点，它可以通过计算所有成对cooccurrences的提出，由于对所有CpG位点甲基化的相关性之间的共生。此外，它可以显示包含所有CpG位点及其与其他CpG位点的相关图计算距离cooccurrences的。相关值的颜色编码（灰阶）和彩色编码栏旁边的图。在对角线上的红色数字显示每个CpG位点的基因的位置。


值----------Value----------

Returns a correlation matrix displaying dependencies values for all CpG positions
显示所有的CpG位置的依赖值返回一个相关矩阵


作者（S）----------Author(s)----------


Arie Zackay <arie.zackay@mail.huji.ac.il>,  Christine Steinhoff <steinhof@molgen.mpg.de>



举例----------Examples----------


## using methData[＃methData]
data(methData)
matrixSNP(methData)

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注：
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