R语言 methVisual包 cgMethFinder()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

cgMethFinder(methVisual)
cgMethFinder()所属R语言包：methVisual

                                        Methylation status
                                         甲基化状态

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

CpGs methylation status on clone sequence
在克隆序列的CPGs甲基化状态


用法----------Usage----------


cgMethFinder(ref,str)



参数----------Arguments----------

参数：ref
String, genomic sequence, see selectRefSeq()
字符串，基因组序列，看到selectRefSeq（）


参数：str
String, Single sequence under study after alignment to ref
字符串，单序列研究后，下对齐文献


Details

详情----------Details----------

The function determines the methylation status of each CpG site by comparing TpG and CpG sites within the clone sequence to corresponding CpG sites in the reference sequence. The input values are the reference sequence and one of the clone sequences which is explored. It returns a (0,1) vector. 1 stands for methylated and 0 for non methylated state. This function is used in the methVisual package as internal function for the calculation of the methylation profiles.
克隆序列内，通过比较TPG和CpG位点，以相应的参考序列的CpG位点的功能确定每个CpG位点的甲基化状态。输入的值是参考序列和克隆的序列进行了探讨。它返回一个（0,1）向量。 1表示甲基化和非甲基化状态为0。此功能用于在内部功能的甲基化谱的计算methVisual包。


值----------Value----------

Returns a (0,1) vector. 1 stands for methylation and 0 for non methylation status.
返回（0,1）向量。 1表示甲基化和非甲基化状态0。


作者（S）----------Author(s)----------


Arie Zackay <arie.zackay@mail.huji.ac.il>, ,Christine Steinhoff <steinhof@molgen.mpg.de>



举例----------Examples----------


ref <- "TTCGGGATCGTTTTTTTAGTAGGTCGGAAGTTTCGTTATGGATTCGTTTTTC"
str <- "TTCGGGATCGTTTTTTTAGTAGGTTGGAAGTTTTGTTATGGATTCGTTTTTC"
cgMethFinder(ref,str)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。