R语言 MEDIPS包 MEDIPS.readAlignedSequences()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MEDIPS.readAlignedSequences(MEDIPS)
MEDIPS.readAlignedSequences()所属R语言包：MEDIPS

                                         Creates a MEDIPS SET by reading a suitable input file
                                         创建一个合适的输入文件读1 MEDIPS

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads the input file and creates a MEDIPS SET. After reading the input file, the MEDIPS SET contains the information about the input regions, like the input file name,  the dependent organism, the chromosomes included in the input file, the length of the included chromosomes (automatically loaded), the number of regions,  and the start, stop and strand informations of the regions. All further slots, for example for the weighting parameters and normalized data  are still empty and will be filled during the workflow.
读取输入文件和创建一个MEDIPS设置。读取输入文件后，MEDIPS集包含有关信息输入区域，如输入文件名，依赖的有机体，染色体包含在输入文件，包括染色体的长度（自动加载），在一些区域和区域的启动，停止和钢绞线信息。例如，所有进一步插槽加权参数和规范化的数据仍然是空的，期间将充满了工作流程。


用法----------Usage----------


MEDIPS.readAlignedSequences(file = NULL, BSgenome = NULL, numrows = -1)



参数----------Arguments----------

参数：file
Path and file name of the input data  
输入数据的路径和文件名


参数：BSgenome
The reference genome name as defined by BSgenome   
参考基因组的名称由BSgenome定义


参数：numrows
The number of short reads (number of rows) within the input file  
在输入文件读取短（行数）


值----------Value----------

An object of class MEDIPSset is returned where the region dependent informations are stored in the according slots. These are informations about the input file, the reference genome, the total number of provided regions, the chromosomes which are covered by the regions, the total chromosome lengths, and the start and stop positions and strand informations of the regions.
根据插槽中返回该区域依赖信息一个类MEDIPSset对象。这些信息是有关输入文件，参考基因组，提供区域总数，这是由区域，总染色体长度，启动和停止的位置和钢绞线的区域信息覆盖染色体。


作者（S）----------Author(s)----------



Lukas Chavez




举例----------Examples----------



library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
file=system.file("extdata", "MeDIP_hESCs_chr22.txt", package="MEDIPS")

CONTROL.SET = MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", file=file)


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注：
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