R语言 MEDIPS包 MEDIPS.genomeVector()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MEDIPS.genomeVector(MEDIPS)
MEDIPS.genomeVector()所属R语言包：MEDIPS

                                         Calculates the genome wide short read coverage on a user specified resolution
                                         全基因组短读覆盖计算用户指定的决议

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Based on the regions included within a previously created MEDIPS SET (see MEDIPS.readAlignedSequiences), the function calculates the genome wide coverage on a user specified resolution. Each chromosome inside the MEDIPS SET will be divided into bins of size bin_size and the short read coverage will be calculated on this resolution. The bin representation of the genome is the 'genome vector'.  
基于以前创建的MEDIPS SET（见MEDIPS.readAlignedSequiences）内包含的区域，功能基因组的覆盖面广，计算用户指定的决议。每个染色体内MEDIPS集将分为箱的大小bin_size和短期的读覆盖率将在本决议的计算。斌代表性的基因组是“基因组向量”。


用法----------Usage----------


MEDIPS.genomeVector(data = NULL, extend = 400, bin_size = 50)



参数----------Arguments----------

参数：data
has to be a MEDIPS SET object  
是MEDIPS集对象


参数：extend
defines the number of bases by which the region will be extended before the genome vector is calculated. Regions will be extended along the plus or the minus strand as defined by their provided strand information.   
定义前计算的基因向量，将扩大该区域的碱基。区域将沿加或由他们提供的钢绞线信息定义的负链延伸。


参数：bin_size
defines the size of genome wide bins and therefore, the size of the genome vector.  Read coverages and coupling factors will be calculated for bins separated by bin_size base pairs.  
定义的全基因组箱的大小，因此，大小的基因向量。阅读覆盖和耦合因素将计算由bin_size碱基对分离箱。


值----------Value----------

The slots of the stated MEDIPS SET object associated to the genome vector will be occupied afterwards.  These are the informations about the bin_size, the extend value, the chromosome and position of the bins, and the number regions within the MEDIPS SET that overlap with the genomic bin.
之后将占用的插槽规定MEDIPS设置相关的基因向量的对象。这些都是有关的bin_size，扩展值，染色体和垃圾箱的位置信息，内MEDIPS的区域设立的重叠与基因组的bin。


作者（S）----------Author(s)----------



Lukas Chavez




举例----------Examples----------



library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
file=system.file("extdata", "MeDIP_hESCs_chr22.txt", package="MEDIPS")
CONTROL.SET = MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", file=file)

CONTROL.SET = MEDIPS.genomeVector(data = CONTROL.SET, bin_size = 50, extend = 400)


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