MEDIPS.couplingVector(MEDIPS)
MEDIPS.couplingVector()所属R语言包：MEDIPS
Calculates the sequence pattern densities for genome wide bins.
计算的全基因组箱的序列模式密度。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Based on the coordinates of the bins of the genome vector included in the stated MEDIPS SET object, the function calculates the local density of a pre-defined sequence pattern (e.g. CpGs).
根据规定MEDIPS集对象中包含的基因向量的垃圾箱的坐标，函数计算当地的一个预定义的序列模式（例如的CPGs）密度。
用法----------Usage----------
MEDIPS.couplingVector(data = NULL, distFile = "empty", fragmentLength = 700, func = "count")
参数----------Arguments----------
参数：data
has to be a MEDIPS SET object
是MEDIPS集对象
参数：distFile
only accessed, if the parameter func=custom. By setting the parameter func to custom, it is required to specify any custom distance weights file using the parameter distFile.
唯一的访问，如果功能=自定义参数。通过设置参数功能，自定义，它必须到指定的任何自定义的距离权重文件中使用参数的distfile。
参数：fragmentLength
Only sequence pattern (e.G. CpGs) within the range of (bin_position-fragmentLength), bin_position+fragmentLength] will contribute to the final local coupling factor. The optimized value for the fragmentLength will reflect the estimated size of your sonicated DNA fragments.
唯一的序列模式范围内（bin_position fragmentLength），bin_position + fragmentLength]（例如的CPGs），将有助于最终当地的耦合系数。优化为fragmentLength的价值将反映你的超声波处理的DNA片段的估计大小。
参数：func
There are several possible weghting function. MEDIPS supports setting the weighting function parameter func to count: simply count the number of CpGs within the predifined maximal distance to the current bin; linear: the weights for CpGs decreases in a linear way and end at 0 at the predifined maximal distance to the current bin; exp: the weights for CpGs decreases in an exponential way and end at 0 at the predifined maximal distance to the current bin; log: the weights for CpGs decreases in a logarithmic way and end at 0 at the predifined maximal distance to the current bin; custom: by setting the parameter to custom, it is required to specify a custom distance weights file using the parameter distFile. You can create any of such a distance file by your own and specify it here. Here, the fragmentLength parameter will be neglected and the maximal distance within your provided distance file will be the limit.
有几种可能weghting功能。 MEDIPS支持设置功能加权函数参数计数：简单数量的CPGs当前斌计数内的predifined的最大距离;线性的CPGs的重量减少在的predifined最大距离在0到目前，在一个线性的方式，结束斌; EXP：0指数的方法，并最终在predifined最大距离当前斌;log的CPGs的重量减少的CPGs的重量，降低对数的方式结束在predifined的最大距离在0至目前斌;自定义：自定义设置的参数，它需要指定一个自定义的距离权重文件中使用参数的distfile。您可以创建这样一个距离自己的文件，并在这里指定。在这里，fragmentLength参数将被忽略和最大距离内提供远程文件将成为限制。
值----------Value----------
The slots of the stated MEDIPS SET object associated to the coupling vector will be occupied afterwards. These are the informations about the selected distance function, possibly about the provided distance weights file, the fragment length and the calculated coupling factors for the genomic bins.
规定MEDIPS集关联耦合矢量对象的插槽将被占领之后。这些都是关于可能提供距离权重文件，片段长度和基因箱计算的耦合因素有关，在选定的距离函数的信息。
作者（S）----------Author(s)----------
Lukas Chavez and Joern Dietrich
举例----------Examples----------
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
file=system.file("extdata", "MeDIP_hESCs_chr22.txt", package="MEDIPS")
CONTROL.SET = MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", file=file)
CONTROL.SET = MEDIPS.genomeVector(data = CONTROL.SET, bin_size = 50, extend = 400)
CONTROL.SET = MEDIPS.getPositions(data = CONTROL.SET, pattern = "CG")
CONTROL.SET = MEDIPS.couplingVector(data = CONTROL.SET, fragmentLength = 700, func = "count")
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 00:37:26
