R语言 mBPCR包 plotEstProfile()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotEstProfile(mBPCR)
plotEstProfile()所属R语言包：mBPCR

                                        Plot the estimated profile of copy number data
                                         绘制拷贝数数据估计的个人资料

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to plot the estimated profiles of copy number data.
函数绘制的拷贝数数据的估计概况。


用法----------Usage----------


  plotEstProfile(sampleName='', chr, position, logratio, chrToBePlotted, estPC, maxProbeNumber,
                 legendPosition='bottomleft', regrCurve=NULL, regr=NULL)




参数----------Arguments----------

参数：sampleName
name of the sample, if the user wants to put it in the title of the graph
命名的样品，如果用户希望把它图的标题


参数：chr
array containing the name of the chromosome to which each probe belongs. The possible values of the elements of chr are: the integers from 1 to 22, 'X' and 'Y'.
数组，其中包含每个探针属于染色体的名称。可能的chr元素值是：从1到22的整数，“X”和“Y”。


参数：position
array containing the physical position of each probe
数组，其中包含每个探针的物理位置


参数：logratio
array containing the log2ratio of the raw copy number data
数组，其中包含的原始拷贝数数据log2ratio


参数：chrToBePlotted
array containing the name of the estimated chromosomes, that the user wants to plot. The possible values of the chromosomes are: the integers from 1 to 22, 'X' and 'Y'.
数组，包含估计染色体的名称，用户希望绘制。染色体可能的值是：从1到22的整数，“X”和“Y”。


参数：estPC
array containing the estimated copy number profile as a piecewise constant function. If estPC=NULL, only the estimated Bayesian regression curve is plotted.
数组，包含作为一个分段常数函数的估计拷贝数的文件。如果estPC=NULL，只有估计的贝叶斯回归曲线绘制。


参数：maxProbeNumber
maximum number of probes that a chromosome (or arm of a chromosome) can have to be analyzed. The procedure of profile estimation needs the computation of an array of length (length(chromosome)+1)*(length(chromosome)+2)/2. To be sure to have set this parameter correctly, try to create the array A <- array(1, dim=(maxProbeNumber+1)*(maxProbeNumber+2)/2), before starting with the estimation procedure.
探针染色体（或染色体臂）进行分析的最大数量。个人资料估计的过程，需要计算数组的长度(length(chromosome)+1)*(length(chromosome)+2)/2。要确保已正确设置此参数，尝试创建数组A <- array(1, dim=(maxProbeNumber+1)*(maxProbeNumber+2)/2)之前，估计程序的开始。


参数：legendPosition
string containing the position of the legend in the plot. The possible values are the same used in the function plot.
字符串，其中包含图例的位置。可能的值是在使用相同的功能plot。


参数：regrCurve
array containing the estimated regression curve. If regrCurve=NULL, then the estimated Bayesian regression curve is not plotted. If regrCurve!=NULL and also estPC!=NULL both estimated profiles are plotted on the same graph.
数组，包含估计回归曲线。如果regrCurve=NULL，然后估计贝叶斯回归曲线不绘制。如果regrCurve!=NULL和estPC!=NULL两个估计剖面绘制在同一张图上。


参数：regr
choice of the computation of the regression curve. If regr=NULL, then the regression curve was not computed (then the estimated Bayesian regression curve is not plotted), if regr="BRC" the Bayesian Regression Curve was computed (mBRC with K_2),  if regr="BRCAk" the Bayesian Regression Curve Averaging over k was computed (BRCAk).
计算回归曲线的选择。如果regr=NULL，然后回归曲线没有计算（估计贝叶斯回归曲线不绘制），如果regr="BRC"贝叶斯回归曲线计算（用K_2MBRC），如果 regr="BRCAk"k上平均贝叶斯回归曲线是计算机（BRCAk）。


Details

详情----------Details----------

The function plots the estimated profiles of the chromosomes of chrToBePlotted, separately.
函数图chrToBePlotted，分别染色体估计型材。


举例----------Examples----------


##import the 10K data of cell line REC[＃导入单元株拍摄10K数据]
data(rec10k)
##estimation of chromosomes 3 and 5[＃3和第5号染色体的估计]
results <- estProfileWithMBPCR(rec10k$SNPname, rec10k$Chromosome, rec10k$PhysicalPosition, rec10k$log2ratio, chrToBeAnalyzed=c(3,5), maxProbeNumber=2000)
##plot the corresponding estimated profiles[＃绘制相应的估计概况]
plotEstProfile(sampleName='rec10k', rec10k$Chromosome, rec10k$PhysicalPosition, rec10k$log2ratio, chrToBePlotted=c(3,5), results$estPC, maxProbeNumber=2000)

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