maSelectGnames(marray)
maSelectGnames()所属R语言包:marray
Select genes according to the values of a few different statistics
根据几个不同的统计值,选择基因
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Select genes by considering the union or intersect of multiple statistics.
考虑union或intersect多个统计所选择的基因。
用法----------Usage----------
maSelectGnames(statdata, crit1 = 50, crit2 = crit1, sub = TRUE, selectstat, operate = c("intersect", "union"))
参数----------Arguments----------
参数:statdata
A numerical matrix where the rows corresponds to genes and the columns corresponds to various statistics corresponding to a particular gene.
行对应的基因和列对应一个数值矩阵对应一个特定基因的各种统计。
参数:crit1
The number of points to be selected. If crit1 < 1, the crit1*100% spots with the smallest M values will be selected. If crit1 >= 1, the crit spots with the smallest M values are selected.
被选中的点数。如果CRIT1 <1的CRIT1 * 100%,最小的M值点会被选中。如果CRIT1> = 1,M值与最小的爆击点选择。
参数:crit2
Similar to "crit1". If crit2 < 1, the crit2*100% spots with the largest M values will be selected. If crit2 >= 1, the crit2 spots with the largest M values are selected.
类似“CRIT1”。如果crit2 <1的crit2 * 100%,M值最大的点会被选中。如果crit2> = 1,M值最大的crit2点选择。
参数:sub
A "logical" or "numeric" vector indicating the subset of genes to be consider.
“逻辑”或“数字”的向量表示的基因子集要考虑。
参数:selectstat
A integer value indicating the statistics where the final ranking is based on.
一个整数值,表示最终排名是根据统计。
参数:operate
The operation used to combined different rankings
使用不同的排名相结合的操作
Details
详情----------Details----------
This functions calls stat.gnames to select say the 100 most extreme genes from various statistics and combined the different gene lists by either union or intersection.
这个函数调用stat.gnames选择说,从各种统计数据的100个最极端的基因,并结合不同的基因列表,无论是工会或路口。
值----------Value----------
A vector of numeric values.
一个数值向量。
作者(S)----------Author(s)----------
Jean Yee Hwa Yang
参见----------See Also----------
stat.gnames, order
stat.gnames,order
举例----------Examples----------
X <- matrix(rnorm(1000), 100,10)
Xstat <- cbind(mean=apply(X, 1, mean, na.rm=TRUE),
var=apply(X, 1, var, na.rm=TRUE))
maSelectGnames(Xstat, crit1=50)
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