R语言 MANOR包 spatial()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

spatial(MANOR)
spatial()所属R语言包：MANOR

                                        Examples of  array-CGH data with spatial artifacts
                                         空间文物阵列CGH数据的例子

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This data set provides an example of array-CGH data with spatial artifacts, consisting of including arrayCGH
该数据集提供了空间文物阵列CGH数据的例子，包括arrayCGH组成


用法----------Usage----------


data(spatial)



格式----------Format----------

edge, gradientarrayCGH objects before normalization:
边缘，梯度arrayCGH对象之前标准化：

arrayValues
arrayValues

arrayDesign
arrayDesign

cloneValues
cloneValues

edge.norm, gradient.normarrayCGH objects after normalization
edge.norm，gradient.normarrayCGH标准化后的对象


Details

详情----------Details----------

'edge' presents local spatial bias in the top-right edge corner, and 'gradient' presents global spatial trend. 'edge' and 'gradient' are arrayCGH objects before normalization. They have been created respectively from spot and gpr files using import. 'edge.norm' and 'gradient.norm' are the corresponding arrayCGH objects after normalization using norm.arrayCGH.
“边缘”，在右上角的边缘角落的地方空间偏见，“梯度”，提出了全球空间的趋势。 边缘和梯度是arrayCGH标准化前的对象。他们分别从现货和GPR文件已创建使用import。 “edge.norm和gradient.norm相应arrayCGH标准化后的对象使用norm.arrayCGH。

flag objects used for data normalization come from flags dataset.
flag用于数据规范化的对象来自flags集。


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Neuvial, <a href="mailto:manor@curie.fr">manor@curie.fr</a>.



源----------Source----------

Institut Curie, manor@curie.fr.
居里研究所，manor@curie.fr。


参见----------See Also----------

flags
flags


举例----------Examples----------


data(spatial)

## edge: example of array with local spatial effects[＃优势：例如阵列与当地的空间效果]

layout(matrix(1:4, 2, 2), height=c(9,1))
arrayPlot(edge, "LogRatio", main="Log-ratios before normalization",
zlim=c(-1,1), bar="h", layout=FALSE, mediancenter=TRUE)
arrayPlot(edge.norm, "LogRatioNorm", main="Log-ratios after spatial
normalization", zlim=c(-1,1), bar="h", layout=FALSE, mediancenter=TRUE)

## gradient: example of array with spatial gradient[＃梯度：例如数组的空间梯度]

layout(matrix(1:4, 2, 2), height=c(9,1))
arrayPlot(gradient, "LogRatio", main="Log-ratios before normalization",
zlim=c(-2,2), bar="h", layout=FALSE)
arrayPlot(gradient.norm, "LogRatioNorm", main="Log-ratios after spatial
normalization", zlim=c(-2,2), bar="h", layout=FALSE)   

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