R语言 MANOR包 genome.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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genome.plot(MANOR)
genome.plot()所属R语言包：MANOR

                                        Pan-genomic representation of a normalized arrayCGH
                                         泛基因组的代表归一arrayCGH

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Displays a pan-genomic representation of a normalized arrayCGH.
显示了一个规范化的arrayCGH泛基因组的代表性。


用法----------Usage----------


  ## S3 method for class 'arrayCGH'
genome.plot(arrayCGH, x="PosOrder", y="LogRatio",
    chrLim=NULL, col.var=NULL, clim=NULL, cex=NULL, pch=NULL, ...)  
  ## Default S3 method:



参数----------Arguments----------

参数：arrayCGH
an object of type arrayCGH
对象类型arrayCGH


参数：data
a data frame with two columns: 'x' and 'y', and optionally a column data\$chrLim giving the limits of each chromosome
一个具有两列的数据框：x和Y，和一个可选的列的数据\ $ chrLim给每个染色体的限制


参数：x
a variable name from arrayCGH\$cloneValues giving the order position of the clones along the genome (defaults to 'PosOrder')
变量从arrayCGH\$cloneValues沿基因的克隆顺序中的位置（默认为“PosOrder”）的名称


参数：y
a variable name from arrayCGH\$cloneValues to be plotted along the genome (defaults to 'LogRatio')
从arrayCGH\$cloneValues变量名要绘制基因组沿（默认为“对数比”）


参数：chrLim
an optional variable name from arrayCGH\$cloneValues giving the limits of each chromosome
一个可选的变量名称从arrayCGH\$cloneValues让每个染色体的限制


参数：col.var
a variable name from arrayCGH\$cloneValues defining the color legend
变量名称从arrayCGH\$cloneValues定义颜色图例


参数：clim
a numeric vector of length 2: color range limits (used if col.var is numeric)
一个长度为2的数字矢量：色彩范围限制（使用col.var如果是数字）


参数：cex
a numerical value giving the amount by which plotting text and symbols should be scaled relative to the default: see par
数值给予图文字和符号应调整相对于默认的金额：par


参数：xlab
a title for the x axis: see title
为x轴的标题：title


参数：ylab
a title for the y axis: see title
为y轴的标题：title


参数：pch
either an integer specifying a symbol or a single character to be used as the default in plotting points: see par  
一个整数指定一个符号或一个单一的策划点的默认字符：par


参数：...
further arguments to be passed to plot
被传递plot的进一步参数


Details

详情----------Details----------

if col.var is a numeric variable, y colors are proportionnal to col.var values; if it is a character variable or a factor, one color is assigned to each different value of col.var. If col.var is NULL, colors are proportionnal to
如果col.var是一个数值变量，y颜色，是proportionnalcol.var值;如果它是一个字符变量或因素，一种颜色被分配到不同的每个col.var的价值。如果col.var是NULL，颜色是proportionnal


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Neuvial, <a href="mailto:manor@curie.fr">manor@curie.fr</a>.



参见----------See Also----------

flag, report.plot
flag，report.plot


举例----------Examples----------


data(spatial)

## default color code: log-ratios[＃默认的颜色代码：log比率]
## Not run: [＃无法运行：]
genome.plot(edge.norm, chrLim="LimitChr")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

## color code determined by a qualitative variable: ZoneGNL (DNA copy number code)[＃颜色代码由定性变量决定：ZoneGNL（DNA拷贝数的代码）]
edge.norm$cloneValues$ZoneGNL <- as.factor(edge.norm$cloneValues$ZoneGNL)
## Not run: [＃无法运行：]
genome.plot(edge.norm, col.var="ZoneGNL")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]
## comparing profiles with and without normalization[＃比较标准化型材和无]
## aggregate data without normalization (flags)[＃没有标准化汇总数据（旗）]

gradient.nonorm <- norm(gradient, flag.list=NULL, var="LogRatio",
FUN=median, na.rm=TRUE)
gradient.nonorm <- sort(gradient.nonorm)

## Not run: [＃无法运行：]
genome.plot(gradient.nonorm, pch=20, main="Genomic profile without
normalization", chrLim="LimitChr")   
x11()
genome.plot(gradient.norm, pch=20, main="Genomic profile with
normalization", chrLim="LimitChr")   

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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