R语言 MANOR包 flag.summary()函数中文帮助文档(中英文对照)

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flag.summary(MANOR)
flag.summary()所属R语言包：MANOR

                                        Summarize information about flags after array normalization
                                         总结有关标志的信息后，阵列标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute spot-level information (number of flagged spots, normalization parameters), and display it in a convenient way
计算点级别的信息（标记点，标准化参数），并显示在一个方便的方法


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'arrayCGH'
flag.summary(arrayCGH, flag.list, flag.var="Flag", nflab="not flagged", ...)
## Default S3 method:[默认方法]
flag.summary(spot.flags, flag.list, nflab="not flagged", ...)



参数----------Arguments----------

参数：arrayCGH
an object of type arrayCGH, after normalization by MANOR
一个arrayCGH类型的对象后，由庄园标准化


参数：flag.list
a list of flags with flag\$char corresponding to the values of spot.flags
与flag\$charspot.flags值对应的标志列表


参数：flag.var
the name of a variable of arrayCGH\$arrayValues containing information about flags (defaults to Flag)
约标志的信息（默认为Flag）包含了arrayCGH \ $ arrayValues的变量的名称


参数：var
the name of a variable of arrayCGH\$cloneValues containing signal values (defaults to LogRatio)
名称一个arrayCGH信号值（默认为LogRatio）\ $ cloneValues的变量


参数：spot.flags
a character vector containing information about flags
包含一个字符向量中有关标志的信息


参数：nflab
a character vector providing a legend for "not flagged" spots
一个字符向量“未标记”点提供一个传奇


参数：...
...
...


Details

详情----------Details----------

This function is used by the function html.report for the generation of an HMTL report of the normalization step. It can also be used by itself.
此功能使用功能html.report一代标准化的步骤HMTL报告。它也可用于本身。


值----------Value----------

A data.frame data.frame with 4 columns:
与4列数据框数据框：


参数：name
flag character
标志字符


参数：label
flag label
标志标签


参数：arg
first numeric argument of flag\$FUN
第一个数字参数flag\$FUN


参数：count
number of flagged spots
数量的标记点


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Neuvial, <a href="mailto:manor@curie.fr">manor@curie.fr</a>.



参见----------See Also----------

html.report, flag
html.report，flag


举例----------Examples----------


data(spatial)
data(flags)
flag.list <- list(spatial=local.spatial.flag, spot=spot.corr.flag,
ref.snr=ref.snr.flag, dapi.snr=dapi.snr.flag, rep=rep.flag,
unique=unique.flag)
flag.list$spatial$args <- alist(var="ScaledLogRatio", by.var=NULL,
nk=5, prop=0.25, thr=0.15, beta=1, family="symmetric")
flag.list$spot$args <- alist(var="SpotFlag")
flag.list$spot$char <- "O"
flag.list$spot$label <- "Image analysis"

## normalize arrayCGH[＃规范化arrayCGH服务]
## Not run: edge.norm &lt;- norm(edge, flag.list=flag.list,[＃无法运行：edge.norm < - 范（边flag.list = flag.list]
var="LogRatio", FUN=median, na.rm=TRUE)
## End(Not run) [＃结束（不运行）]
fs <- flag.summary(edge.norm, flag.list=flag.list, flag.var="Flag")

print("Flag and normalization parameters summary")
print(fs)

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