R语言 MANOR包 flag.arrayCGH()函数中文帮助文档(中英文对照)

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flag.arrayCGH(MANOR)
flag.arrayCGH()所属R语言包：MANOR

                                        Apply a flag to an arrayCGH
                                         套用一个标志，一个arrayCGH

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function flag$FUN is applied to a flag object for normalization
功能flag$FUNflag对象标准化


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：flag
an object of type 'flag'
对象类型标志


参数：arrayCGH
an object of type arrayCGH
对象类型arrayCGH


Details

详情----------Details----------

Optional arguments in flag$args are passed to flag$FUN
在可选参数flag$args正在传递flag$FUN的的


值----------Value----------

An object of class arrayCGH, which corresponds to the return value of flag$FUN if flag$char is null, and to the input arrayCGH object with spots given by flag$FUN flagged with flag$char
一个对象对应类arrayCGH，flag$FUN如果flag$char是空，输入arrayCGH的与flag$FUN给予点对象的返回值标记与flag$char


注意----------Note----------

People interested in tools for array-CGH analysis can
阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Neuvial, <a href="mailto:manor@curie.fr">manor@curie.fr</a>.



参见----------See Also----------

to.flag, norm.arrayCGH
to.flag，norm.arrayCGH


举例----------Examples----------


data(spatial)
data(flags)

gradient$arrayValues$LogRatioNorm <- gradient$arrayValues$LogRatio
## flag spots with no available position on the genome[＃标志点没有可用位置上的基因组]
gradient <- flag.arrayCGH(position.flag, gradient)

## flag spots corresponding to low poor quality clones[＃标志点对应的低质量差的克隆]
gradient <- flag.arrayCGH(val.mark.flag, gradient)

## flag spots excluded by Genepix pro[＃标志点Genepix亲排除]
gradient <- flag.arrayCGH(spot.flag, gradient)

## flag local spatial bias zones[＃标志，局部空间偏置区]
## Not run: gradient &lt;- flag.arrayCGH(local.spatial.flag, gradient)[＃无法运行：梯度< -  flag.arrayCGH（local.spatial.flag，梯度）]

## correct global spatial bias[＃正确的全球空间偏见]
gradient <- flag.arrayCGH(global.spatial.flag, gradient)

## flag spots with low signal to noise[＃标志点，低噪声信号]
gradient <- flag.arrayCGH(SNR.flag, gradient)

## flag spots with extremely high log-ratios[＃标志点，具有极高登录比率]
gradient <- flag.arrayCGH(amplicon.flag, gradient)

## flag spots with poor within replicate consistency[＃标志点差内复制的一致性]
gradient <- flag.arrayCGH(replicate.flag, gradient)

## flag spots corresponding to clones for which all other spot[＃标志点对应到克隆的所有其他点]
## replicates have already been flagged  [＃复制已标记]
gradient <- flag.arrayCGH(unique.flag, gradient)

summary.factor(gradient$arrayValues$Flag)

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