R语言 maigesPack包 tablesDE()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

tablesDE(maigesPack)
tablesDE()所属R语言包：maigesPack

                                         Save HTML or CSV tables of differentially expressed genes
                                         保存HTML或CSV差异表达基因表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes an object of class maigesDE or maigesDEcluster generated by functions deGenes2by2Ttest, deGenes2by2Wilcox, deGenes2by2BootT and deGenesANOVA and save HTML or CSV tables differentially expressed genes.
这个函数需要一个对象类maigesDE或maigesDEcluster功能产生deGenes2by2Ttest，deGenes2by2Wilcox，deGenes2by2BootT和deGenesANOVA“保存HTML或CSV表差异表达的基因。


用法----------Usage----------


tablesDE(deComp=NULL, dir="./", filenames=NULL, dataID="Someone's",
         type=c("HTML","CSV")[1], geneID="GeneName", hsID="ClusterId",
         gbID="GeneId", annotID="Annot", genes=NULL, logFold=TRUE,
         adjP="none", sort="p.value", nDEgenes=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：deComp
object of class maigesDE.
对象类maigesDE。


参数：dir
character specifying the directory to save the files.
字符指定保存文件的目录。


参数：filenames
character vector with file names to be saved, if NULL default names are given.
要保存的文件名字符与向量，如果NULL默认名称。


参数：dataID
character giving an identifier for the dataset. If NULL the notes slot from DE.comp are used.
给人一种集标识符的字符。如果为NULLnotes槽从DE.comp使用。


参数：type
type of file to be saved. May be 'HTML' (default) or 'CSV'.
要保存的文件类型。可能是“HTML”（默认）或“CSV”。


参数：geneID
character giving the ID of label  for gene symbol in the dataset.
字符提供基因符号在数据集的ID标签。


参数：hsID
character giving the ID of label for unigene code in the dataset.
性格给UniGene数据库中的数据集的代码编号的标签。


参数：gbID
character giving the ID of label for Genbank entry in the dataset.
给予编号的标签序列条目中的数据集的字符。


参数：annotID
character giving the ID of label for gene annotation in the dataset.
性格给基因数据集的注释编号的标签。


参数：genes
character vector specifying the genes to be saved, mapped according to geneID label.
特征向量，指定要保存的基因，根据geneID标签映射。


参数：logFold
logical specifying if the fold change must be saved in log2 scale.
如果必须保存以log2规模的fold change的逻辑指定。


参数：adjP
character string giving the type of p-value adjustment. May be 'Bonferroni', 'Holm', 'Hochberg', 'SidakSS', 'SidakSD', 'BH', 'BY' or 'none'. Defaults to 'none'.
P-值调整的类型字符串。可能邦弗朗尼“，”霍尔姆“，”Hochberg“的”SidakSS，SidakSD，波黑，的或没有。默认为none。


参数：sort
character specifying the field to be sorted, may be 'p.value' (default), 'fold' or 'statistic'.  
字符指定字段进行排序，可能是p.value“（默认），”倍“或”统计“。


参数：nDEgenes
number of differentially genes to be saved in the file. Defaults to NULL to save all genes. If an integer value the function saves the nDEgenes with smaller p-values (most significantly DE genes). If a number in (0,1) nDEgenes is used as a cutoff for the p-values.
差异被保存在文件中的基因数目。默认为空，保存所有的基因。如果一个整数的函数保存较小的P-值（最显著德基因）nDEgenes。如果一个号码（0,1）nDEgenes作为一个p值的截止。


Details

详情----------Details----------

We use the function mt.rawp2adjp from package multtest to adjust p-values, any information the methods implemented must be searched in their help pages. The arguments hsID, gbID and annotID are used only to improve the tables generate including links for the respective databases, but if these information are absent in the dataset they must be specified as NULL. The argument geneID must be necessarily specified, because the genes must be at least one identification.
我们使用的功能mt.rawp2adjp从封装multtest以调整P-值，实施方法的任何信息，必须在他们的帮助页面中搜索。论据hsID，gbID和annotID仅用于改善表生成，包括各自的数据库的链接，但如果这些信息是在缺席的数据集，他们必须指定为NULL。的说法geneID必须指定的必然，因为基因必须至少有一个鉴定。


值----------Value----------

This function don't return any object.
这个函数不返回任何对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

deGenes2by2Ttest, deGenes2by2Wilcox, deGenes2by2BootT, deGenesANOVA, maigesDE, maigesDEcluster.
deGenes2by2Ttest，deGenes2by2Wilcox，deGenes2by2BootT，deGenesANOVA，maigesDE，maigesDEcluster。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Doing bootstrap from t statistic test fot 'Type' sample label, k=1000[t统计检验FOT“类型的样品标签，K = 1000＃做引导]
## specifies one thousand bootstraps[＃指定一万白手起家]
gastro.ttest = deGenes2by2Ttest(gastro.summ, sLabelID="Type")

tablesDE(gastro.ttest) ## Save HTML tables[＃保存HTML表格]

## To save only tables with p-value &lt; 0.05[＃p值<0.05只表要保存]
tablesDE(gastro.ttest, nDEgenes=0.05)

## To save only tables with 30 most significantly genes[＃为了节省30只表最显著的基因]
tablesDE(gastro.ttest, nDEgenes=30)

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