R语言 maigesPack包 relNetworkB()函数中文帮助文档(中英文对照)

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relNetworkB(maigesPack)
relNetworkB()所属R语言包：maigesPack

                                         Relevance Network analysis
                                         相关的网络分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to construct Relevance Networks for one biological type (Butte's Relevance Network).
函数来构造一个生物类型（小山的关联网络）的关联网络。


用法----------Usage----------


relNetworkB(data=NULL, gLabelID="GeneName", sLabelID="Classification",
            geneGrp=NULL, path=NULL, samples=NULL,
            type="Rpearson", bRep=1000, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
object of class maiges.
对象类maiges。


参数：gLabelID
character string giving the identification of gene label ID.
基因标签的ID识别字符串。


参数：sLabelID
character string giving the identification of sample label ID.
样品标签标识的识别字符串。


参数：geneGrp
character string (or numeric index) specifying the gene group to calculate the correlation values between them. If NULL (together with path) all genes are used.
字符串（或数字索引）指定的基因组来计算它们之间的相关值。如果为NULL（连同路径）用于所有的基因。


参数：path
character string (or numeric index) specifying the gene network to calculate the correlation values between them. If NULL (together with geneGrp) all genes are used.
字符串（或数字索引）指定的基因网络计算它们之间的相关值。如果为NULL（连同geneGrp）的所有基因。


参数：samples
a character vector specifying the group to be compared.
指定一个字符向量组进行比较。


参数：type
type of correlation to be calculated. May be 'Rpearson' (default), 'pearson', 'kendall', 'spearman' or 'MI'.
相关类型来计算的。可能是“Rpearson”（默认），“培”，“肯德尔，”斯皮尔曼或心肌梗塞。


参数：bRep
integer specifying the number of bootstrap permutation to calculate the significance of correlation values.
整数，指定引导置换的数量来计算相关值的意义。


参数：...
additional parameters for functions robustCorr or cor.
功能robustCorr或cor额外的参数。


Details

详情----------Details----------

This method uses the function cor to calculate the usual correlation values, robustCorr to calculate a robust correlation using an idea similar to the leave-one-out or MI to calculate mutual information values.
这种方法使用的功能cor通常相关值计算，robustCorr计算一个强大的相关性，使用类似的休假一出或MI来计算互信息值的想法。


值----------Value----------

The result of this function is an object of class maigesRelNetB.
这个函数的结果是一个对象类maigesRelNetB。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参考文献----------References----------

medical databases using relevance networks. In Proc. AMIA Symp., 711-715, 1999 (http://www.amia.org/pubs/symposia/D005550.HTM)
I.S. Discovering functional relationships between RNA expression and chemotherapeutic susceptibility using relevance networks, PNAS, 97, 12182-12186, 2000 (http://www.pnas.org/cgi/content/full/97/22/12182)
functional genomic clustering using pairwise entropy measurements. In Pacific Symposium on Biocomputing, 5, 415-426, 2000 (http://psb.stanford.edu/psb-online/proceedings/psb00/)

参见----------See Also----------

cor, robustCorr, MI maigesRelNetB, plot.maigesRelNetB, image.maigesRelNetB.
cor，robustCorr，MImaigesRelNetB，plot.maigesRelNetB，image.maigesRelNetB。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Constructing the relevance network (Butte's method) for sample[＃构建样品的相关网络（小山的方法）]
## 'Tissue' equal to 'Neso' for the 1st gene group[＃组织等于1的基因组“NESO”]
gastro.net = relNetworkB(gastro.summ, sLabelID="Tissue",
  samples="Neso", geneGrp=1, type="Rpearson")

## Constructing the relevance network (Butte's method) for sample[＃构建样品的相关网络（小山的方法）]
## 'Type' equal to 'Col' for the 1st gene group using the conventional[＃类型等于上校的第一个基因组，采用常规的]
## pearson correlation[＃Pearson相关]
gastro.net = relNetworkB(gastro.summ, sLabelID="Type",
  samples="Col", geneGrp=1, type="pearson")

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