plot(maigesPack)
plot()所属R语言包：maigesPack
Method plot for objects defined in this package
在这个包中定义的对象的方法的图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Generic function plot to display scatter plots or other types of graphical representation for objects defined in this package.
泛型函数plot显示散点图或其他类型的图形表示，在这个包中定义的对象。
用法----------Usage----------
## S3 method for class 'maigesRaw'
plot(x, bkgSub="subtract", z=NULL, legend.func=NULL,
ylab="W", ...)
## S3 method for class 'maiges'
plot(x, z=NULL, legend.func=NULL, ylab="W", ...)
## S3 method for class 'maigesANOVA'
plot(x, z=NULL, legend.func=NULL, ylab="W", ...)
## S3 method for class 'maigesDE'
plot(x, adjP="none", idx=1, ...)
## S3 method for class 'maigesDEcluster'
plot(x, adjP="none", idx=1, ...)
## S3 method for class 'maigesClass'
plot(x, idx=1, ...)
## S3 method for class 'maigesRelNetB'
plot(x=NULL, cutPval=0.05, cutCor=NULL,
name=NULL, ...)
## S3 method for class 'maigesRelNetM'
plot(x=NULL, cutPval=0.05, names=NULL, ...)
## S3 method for class 'maigesActMod'
plot(x, type=c("S", "C")[2], keepEmpty=FALSE, ...)
## S3 method for class 'maigesActNet'
plot(x, type=c("score", "p-value")[1], ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
an object of any class defined in this package, except maigesPreRaw.
在此包中定义的任何类的对象，除了maigesPreRaw。
参数：bkgSub
string specifying the method for background subtraction. See function backgroundcorrect to find the available options.
字符串，指定背景减法的方法。见函数backgroundcorrect找到可用的选项。
参数：z
accessor method for stratifying data, see maPlot.
分层数据的存取方法，请参阅maPlot。
参数：legend.func
string specifying options to show legend in the figure.
字符串，指定选项，以显示在传说中的人物。
参数：ylab
character string specifying the label to y axis.
字符串指定y轴的标签。
参数：adjP
type of p-value adjustment, see function mt.rawp2adjp in package multtest.
P-值调整的类型，功能mt.rawp2adjp包multtest中。
参数：idx
index of the test statistic to be plotted in case of objects of classes maigesDE and maigesDEcluster or the index of the clique to be plotted in case of object with class maigesClass.
检验统计指标要在类的对象的情况下绘制maigesDE和maigesDEcluster“或集团的索引对象的情况下绘制类maigesClass。
参数：cutPval
real number in [0,1] specifying a cutoff p-value to show significant results from relevance network analysis. For class maigesRelNetB, if this parameter is specified the argument cutCor isn't used.
在[0,1]真正的数字，指定截止p值从相关的网络分析显示显着的效果。类maigesRelNetB，如果这个参数指定的参数cutCor不使用。
参数：cutCor
real number in [0,1], specifying a coefficient correlation value cutoff (in absolute value) to show only absolute correlation values greater than this value. Pay attention, to use this cutoff it is necessary to specify cutPval as NULL.
在[0,1]的实数，指定相关系数值为截止（绝对值），显示只有绝对的相关值大于该值。注意，使用此截止指定cutPval为NULL，这是必要的。
参数：name
character string giving a name for sample type tested to be plotted as a name in the method for class maigesRelNetB.
字符串给人一种测试，以作为绘制方法中的类maigesRelNetB的名称样品类型的名称。
参数：names
similar to the previous one, but it is a vector of length 3.
前一个类似，但它是一个长度为3的向量。
参数：type
string specifying the type of colour map to be plotted. For class maigesActMod it must be 'S' or 'C' for samples or biological conditions, respectively. For class maigesActNet it must be 'score' or 'p-value' for the statistics or p-values of the tests, respectively.
彩色图类型的字符串，指定要绘制。类maigesActMod的必须的S或C为样品或生物条件，分别。类maigesActNet“它必须是”得分“或”p值“的统计或p值测试，分别。
参数：keepEmpty
logical, if true the results of all gene groups are displayed, else only the gene groups that present at least one significant result are displayed.
逻辑，如果属实的所有基因组的结果显示，只有其他的基因组，目前至少有一个重要的结果显示。
参数：...
additional arguments for method maPlot or plot
附加参数的方法maPlot或plot
Details
详情----------Details----------
This method uses the function maPlot to display scatter plots ratio vs mean values for objects of class maiges, maigesRaw or maigesANOVA. For objects of class maigesDE or maigesDEcluster, this method display volcano plots. For objects of class maigesClass it do 2 or 3 dimensions scatter plots that facilitate the visualisation of good classifying cliques of genes For objects of class maigesRelNetM the method displays 3 circular graphs representing the correlation values for the two groups tested and the p-values of the tests. For class maigesRelNetB it displays only one circular graph showing the correlation values for the type tested. In objects of class maigesActMod and maigesActNet the method do the same job as image.
这种方法使用的功能maPlot显示散点图的比例比类maiges，maigesRaw或maigesANOVA对象的平均值。对于类maigesDE或maigesDEcluster，这种方法显示火山图的对象。对于类对象maigesClass它做2个或3个维散点图，方便类对象的可视化的基因分类拉帮结派maigesRelNetM方法显示两组的相关值的循环图测试和测试的p值。类maigesRelNetB只显示一个圆形图显示的测试类型的相关值。在类对象maigesActMod和maigesActNet方法做同样的工作，为image。
Pay attention that, even using the method maPlot from marray package, we plot W values against A values instead of MA plots.
要注意的是，即使使用的方法maPlot包从marray，我们小区W值对主图，而不是一个值。
作者（S）----------Author(s)----------
Gustavo H. Esteves <gesteves@vision.ime.usp.br>
参见----------See Also----------
mt.rawp2adjp, backgroundcorrect, maPlot in the package marray, plot in the base package.
mt.rawp2adjp，backgroundcorrect，maPlot包marray的，plot在基础包。
举例----------Examples----------
## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)
## Example with an object of class maigesRaw, without and with backgound[＃示例与类maigesRaw的对象，没有与backgound]
## subtraction, also we present a plot with normexp (from limma package)[＃减法，也是我们提出了图与normexp（从limma包）]
## subtract algorithm.[＃减算法。]
plot(gastro.raw[,1], bkgSub="none")
plot(gastro.raw[,1], bkgSub="subtract")
plot(gastro.raw[,1], bkgSub="normexp")
## Example with an object of class maigesNorm.[＃示例与类maigesNorm的对象。]
plot(gastro.norm[,1])
## Example for objects of class maigesDE.[＃例为类maigesDE对象。]
## Doing bootstrap from t statistic test fot 'Type' sample label, k=1000[t统计检验FOT“类型的样品标签，K = 1000＃做引导]
## specifies one thousand bootstraps[＃指定一万白手起家]
gastro.ttest = deGenes2by2Ttest(gastro.summ, sLabelID="Type")
plot(gastro.ttest) ## Volcano plot[＃火山图的]
## Example for object of class maigesClass.[＃为例类maigesClass的对象。]
## Doing LDA classifier with 3 genes for the 6th gene group comparing[＃与3个基因6的比较基因组LDA的分类]
## the 2 categories from 'Type' sample label.[＃2从“类型”样品标签类别。]
gastro.class = classifyLDA(gastro.summ, sLabelID="Type",
gNameID="GeneName", nGenes=3, geneGrp=6)
plot(gastro.class) ## plot the 1st classifier[＃绘制第一分类]
plot(gastro.class, idx=7) ## plot the 7th classifier[＃绘制第七届分类。]
## Example for object of class maigesActNet[＃对象类maigesActNet的为例]
## Doing functional classification of gene groups for 'Tissue' sample label[＃做功能分类基因组的“组织”的样本标签]
gastro.mod = activeMod(gastro.summ, sLabelID="Tissue", cutExp=1,
cutPhiper=0.05)
plot(gastro.mod, "S", margins=c(15,3)) ## Plot for individual samples[＃图个别样品]
plot(gastro.mod, "C", margins=c(21,5)) ## Plot for unique biological conditions[＃图独特的生物条件]
## Example for object of class maigesRelNetB[＃对象类maigesRelNetB的为例]
## Constructing the relevance network (Butte's method) for sample[＃构建样品的相关网络（小山的方法）]
## 'Tissue' equal to 'Neso' for the 1st gene group[＃组织等于1的基因组“NESO”]
gastro.net = relNetworkB(gastro.summ, sLabelID="Tissue",
samples="Neso", geneGrp=1, type="Rpearson")
plot(gastro.net, cutPval=0.05)
## Example for object of class maigesRelNetM[＃对象类maigesRelNetM的为例]
## Constructing the relevance network for sample[＃样品的相关网络建设]
## 'Tissue' comparing 'Neso' and 'Aeso' for the 1st gene group[＃组织“NESO”和“Aeso”的第一个基因组比较]
gastro.net = relNetworkM(gastro.summ, sLabelID="Tissue",
samples = list(Neso="Neso", Aeso="Aeso"), geneGrp=11,
type="Rpearson")
plot(gastro.net, cutPval=0.05)
plot(gastro.net, cutPval=0.01)
## Example for objects of class maigesActNet[＃类maigesActNet对象为例]
## Doing functional classification of gene networks for sample Label[＃做样品的标签功能分类基因网络]
## given by 'Tissue'[＃给“组织”]
gastro.net = activeNet(gastro.summ, sLabelID="Tissue")
plot(gastro.net, type="score", margins=c(21,5))
plot(gastro.net, type="p-value", margins=c(21,5))
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发表于 2012-2-26 00:09:51
