R语言 maigesPack包 maigesRaw-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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maigesRaw-class(maigesPack)
maigesRaw-class()所属R语言包：maigesPack

                                         maigesRaw class, store raw microarray datasets
                                         maigesRaw类，存储原料的芯片集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class describes objects to handle intensity values and information about genes and samples used in the data. Objects of this class are obtained from class maigesPreRaw using function createMaigesRaw.
这个类描述对象来处理强度值和有关的基因，并在数据样本的信息。这个类的对象是从类maigesPreRaw使用功能createMaigesRaw。


Details

详情----------Details----------

This class of objects defines a real raw object that is used to do the normalisation. Objects of this class are generated from objects of class maigesPreRaw using the function createMaigesRaw. Here it is possible to do several plots for exploratory analysis using functions from marray package. Using the function selSpots, you select spots to use in the normalisation method, that is done by the functions normLoc, normOLIN, normRepLoess, normScaleLimma and normScaleMarray.
此对象的类定义一个真正的原始对象，是用来做什么的标准化。这个类的对象生成类maigesPreRaw使用功能createMaigesRaw的对象。在这里，它是可以做到探索使用marray包功能的分析，几个图。使用的功能selSpots，你选择点使用的规范化方法，即由功能做normLoc，normOLIN，normRepLoess，normScaleLimma和 normScaleMarray。


插槽----------Slots----------




Sf: numeric matrix containing the test samples spots intensity values, spots corresponding to rows and data
Sf：数字矩阵包含测试样本点的强度值，插播相应的行和数据




Sb: numeric matrix containing the test samples local background values, spots corresponding to rows and data
Sb：数字矩阵包含当地背景值，斑点相应的行和数据测试样品




Sdye: character vector with length equal the length of data files (chips), specifying the channel ('ch1' or 'ch2') used
Sdye：性格与向量长度等于长度的数据文件（筹），指定通道（CH1“或”CH2）




Rb: numeric matrix containing the reference samples spots intensity values, spots corresponding to rows and data
Rb：数字矩阵包含的参考样本点的强度值，插播相应的行和数据




Rf: numeric matrix containing the reference samples spots intensity values, spots corresponding to rows and data
Rf：数字矩阵包含的参考样本点的强度值，插播相应的行和数据




Rdye: character vector with length equal the length of data files (chips), specifying the channel ('ch1' or 'ch2') used
Rdye：性格与向量长度等于长度的数据文件（筹），指定通道（CH1“或”CH2）




Flag: matrix specifying the flags for the spots, as in the matrices above, rows and columns correspond to genes and samples, respectively. Type o value may be numeric or character,
Flag：矩阵指定的点的标志，如在上面的矩阵，行和列对应的基因和样品，分别。 O型值可能是数字或字符，




BadSpots: logical vector specifying spots that was judged as bad ones. By default this slot is created as a vector of
BadSpots：逻辑向量指定为坏的判断点。默认情况下，这个槽被创建作为向量




UseSpots: logical matrix indexing the spots to be used
UseSpots：逻辑基质索引的斑点被用来




GeneGrps: a logical matrix with rows representing the spots and columns representing different gene groups. Each column
GeneGrps：逻辑与代表点和列代表不同基因组的行矩阵。每列




Paths: list containing graphNEL objects specifying gene regulatory networks (or pathways). The first object in this list is a char string giving the gene label used to
Paths：列表，其中包含graphNEL指定的基因调控网络（或途径）的对象。在此列表中的第一个对象是一个char字符串提供用于基因标签




Layout: a list containing the number of rows (gridR) and columns (gridC) of grids, the number of rows (spotR) and columns (spotC) of spots inside each grid and the total
Layout：一个列表，其中包含的行数（gridR）和列的网格（gridC），行数（spotR）和列（spotC 内每个网格点）和总




Glabels: data frame giving the gene labels. These
Glabels：数据框，使基因标签。这些




Slabels: data frame giving the sample labels. These
Slabels：数据框，使样品标签。这些




Notes: char string that receives any comment about the
Notes：字符的字符串，收到任何有关的评论




Date: char string giving the date and hour that the
Date：char字符串的日期和时间




V.info: list containg three characters. The first one is a string containing the R version used when the object was created. The second is a char vector with base packages and the last one is another char vector with additional packages and
V.info：列表containg三个大字。第一个是一个字符串，其中包含创建对象时使用的R版本。第二个是基础包炭向量和最后一个字符向量和另一个额外的软件包


方法----------Methods----------




[ signature(x = 'maigesRaw'): subsetting operator for spots on the array or arrays in the batch, ensures that all slots
[signature(x = 'maigesRaw')：运营商批次中的数组或阵列点的子集，确保所有插槽




boxplot signature(x = 'maigesRaw'): boxplot method for maigesRaw class. Display boxplots of the slides and
盒形图signature(x = 'maigesRaw')：盒形图的方法maigesRaw类。盒状图显示的幻灯片和




dim signature(x = 'maigesRaw', value = 'numeric'): get
暗淡signature(x = 'maigesRaw', value = 'numeric')：得到




image signature(x = 'maigesRaw'): image method for maigesRaw class. Display colour representation of
图像signature(x = 'maigesRaw')：maigesRaw类图像的方法。显示颜色表示




plot signature(x = 'maigesRaw'): plot method for
图signature(x = 'maigesRaw')：积方法




print signature(x = 'maigesRaw'): print method for
打印signature(x = 'maigesRaw')：打印方法




show signature(x = 'maigesRaw'): show method for
显示signature(x = 'maigesRaw')：show方法




summary signature(x = 'maigesRaw'): summary method for
摘要signature(x = 'maigesRaw')：简易方法


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

createMaigesRaw, selSpots, normLoc, normOLIN, normRepLoess, normScaleLimma and normScaleMarray.
createMaigesRaw，selSpots，normLoc，normOLIN，normRepLoess，normScaleLimma和normScaleMarray。

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