R语言 maigesPack包 maigesPreRaw-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

maigesPreRaw-class(maigesPack)
maigesPreRaw-class()所属R语言包：maigesPack

                                         maigesPreRaw class, store pre raw microarray datasets
                                         maigesPreRaw类，店前的原始芯片集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class describes objects to handle data values and information about genes and samples used in the data. Here, it is possible to put any field from data tables that you want.
这个类描述对象来处理数据值和有关的基因，并在数据样本的信息。在这里，它是可以把你想要的数据表的任何领域。


Details

详情----------Details----------

This class of objects is intended to define an intermediate step between the external world (data tables, gene groups, gene networks, etc) and real raw objects given by the class maigesRaw. In this intermediate step the user can do any type of exploratory analysis and set bad spots (at slot BadSpots), or to do any type of calculation they judge important in the fields of Data slot.
这一类的对象之间的外部世界（数据表，基因组，基因网络等）和真正的原始对象类maigesRaw定义一个中间步骤。在这中间步骤，用户可以做任何类型的探索性分析和烂斑（槽BadSpots），或做任何计算的类型，他们判断Data槽等领域的重要的。

This class of objects is created by a call from loadData. The functions addGeneGrps and addPaths may also be used to add information for gene groups and gene networks. After the exploratory analysis it must be converted in an object of class maigesRaw using the function createMaigesRaw.
这一类的对象创建一个loadData呼叫。职能addGeneGrps和addPaths也可以用来添加基因组和基因网络的信息。探索性分析后，它必须被转换成一个对象类maigesRaw使用功能createMaigesRaw。

If you have the package Rgraphviz installed and working it is possible to display the graphs stored in the slot Paths using the command plot.
如果你有包Rgraphviz安装和工作，它可以显示存储在插槽Paths使用命令plot图表。


插槽----------Slots----------




Data: contains a list with matrices. Each matrix has nrow = number of spots and ncol = number of data tables (or chips) with the numerical values of each data field specified by the user in the configuration file used as parameter
Data：包含一个矩阵列表。每个矩阵有nrow=斑点和ncol=由用户指定的配置文件中的每个数据字段的数值数据表（或芯片）作为参数




GeneGrps: a list containing character vectors. These vectors specify genes from the gene groups that must be studied. Each vector is used as a gene group. The names of the groups are catch from the names of the vectors from the list,
GeneGrps：一个列表，包含特征向量。这些向量指定必须研究从基因组的基因。每个向量被用作基因组。团体的名称是赶上从向量的名字从名单




Paths: list containing graphNEL objects specifying gene regulatory networks (or pathways). As in the previous slot, the names are catch from file names and stored as
Paths：列表，其中包含graphNEL指定的基因调控网络（或途径）的对象。正如在前面的插槽，名赶上从文件名和存储




Layout: a list containing the number of rows (gridR) and columns (gridC) of grids, the number of rows (spotR) and columns (spotC) of spots inside each grid and the total
Layout：一个列表，其中包含的行数（gridR）和列的网格（gridC），行数（spotR）和列（spotC 内每个网格点）和总




Glabels: data frame giving the gene labels. These
Glabels：数据框，使基因标签。这些




Slabels: data frame giving the sample labels. These
Slabels：数据框，使样品标签。这些




BadSpots: logical vector specifying spots that was judged as bad ones. By default this slot is created as a vector of
BadSpots：逻辑向量指定为坏的判断点。默认情况下，这个槽被创建作为向量




Notes: char string that receives any comment about the
Notes：字符的字符串，收到任何有关的评论




Date: char string giving the date and hour that the
Date：char字符串的日期和时间




V.info: list containg three characters. The first one is a string containing the R version used when the object was created. The second is a char vector with base packages and the last one is another char vector with additional packages and
V.info：列表containg三个大字。第一个是一个字符串，其中包含创建对象时使用的R版本。第二个是基础包炭向量和最后一个字符向量和另一个额外的软件包


方法----------Methods----------




print signature(x = 'maigesPreRaw'): print method for
打印signature(x = 'maigesPreRaw')：打印方法




show signature(x = 'maigesPreRaw'): show method for
显示signature(x = 'maigesPreRaw')：show方法




summary signature(x = 'maigesPreRaw'): summary method for
摘要signature(x = 'maigesPreRaw')：简易方法


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

loadData, addGeneGrps, addPaths, createMaigesRaw.
loadData，addGeneGrps，addPaths，createMaigesRaw。

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。