maigesActMod-class(maigesPack)
maigesActMod-class()所属R语言包：maigesPack
maigesActMod class, store results of functional classification of gene groups
maigesActMod类，基因组功能分类结果存储
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This class defines a structure to store the results of functional classification of gene groups (or modules) that was proposed by Segal et al. (2004), see the reference below. Objects of this type are generated by calling the function activeMod.
这个类定义了一个结构来存储西格尔等人提出的基因组（或模块）的功能分类结果。 （2004年），见下面的参考。产生这种类型的对象，通过调用函数activeMod。
Details
详情----------Details----------
Objects of this class are produced by calling the function activeMod over an object of class maiges to search for gene groups that present numbers of genes induced or repressed greater than the expected by chance in biological sample types of interest. This is done according to the model proposed by Segal et al. (2004), described below.
这个类的对象是由调用函数activeMod对象的类maiges搜索，目前的基因诱导或抑制比预期的机会，在利益的生物样品类型的基因组。这是根据西格尔等人提出的模型。 （2004年），如下所述。
插槽----------Slots----------
modBySamp: numerical matrix containing the fraction of genes activated (or negative fraction of genes repressed) for all chips. The rows and columns of the matrix represents the chips and
modBySamp：数值矩阵，包含的基因激活（或抑制基因的负分数）为所有芯片的一小部分。矩阵的行和列代表的芯片和
modByCond: numerical matrix storing the fraction (or negative fraction) of different sample types that presents alteration in the gene groups tested. The rows and columns
modByCond：数值矩阵存储不同类型的样品分数（或负分数），提出了在测试的基因组的改变。行和列
globalScore: list with the same length as the number of gene groups containing matrices with the genes as rows and 2 columns. The first column gives a global score that measure the consistency of the classification of the gene and the group, the second column gives the p-value for this score, as described in
globalScore：与相同长度的基因组含有基因作为行2列的矩阵列表。第一列给出了一个全球性的得分衡量的基因组分类的一致性，第二列给出这个分数的P-值中所述，
tissueScore: a list similar to the previous one, but having arrays of 3 dimensions that gives scores similar to that one described above, but relating only to each specific sample type. Note that this new score was implemented in this package and
tissueScore：列表前一个类似，但有3个维度，使类似以上所述，一个分数的阵列，但只涉及到每一个具体的样本类型。请注意，这个新的评分在此包实现
Date: character string giving the date and time that
Date：字符串提供的日期和时间。
V.info: list containg three characters. The first one is a string containing the R version used when the object was created. The second is a char vector with base packages and the last one is another char vector with additional packages and
V.info：列表containg三个大字。第一个是一个字符串，其中包含创建对象时使用的R版本。第二个是基础包炭向量和最后一个字符向量和另一个额外的软件包
方法----------Methods----------
image signature(x = 'maigesActMod'): image method for maigesActMod class. Display colour representation of
图像signature(x = 'maigesActMod')：maigesActMod类图像的方法。显示颜色表示
plot signature(x = 'maigesActMod'): plot method for
图signature(x = 'maigesActMod')：积方法
print signature(x = 'maigesActMod'): print method for
打印signature(x = 'maigesActMod')：打印方法
show signature(x = 'maigesActMod'): show method for
显示signature(x = 'maigesActMod')：show方法
summary signature(x = 'maigesActMod'): summary method for
摘要signature(x = 'maigesActMod')：简易方法
作者（S）----------Author(s)----------
Gustavo H. Esteves <<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>>
参考文献----------References----------
conditional activity of expression modules in cancer. Nature Genetics, 36, 1090-1098, 2004. (http://www.nature.com/ng/journal/v36/n10/abs/ng1434.html)
参见----------See Also----------
activeMod.
activeMod。
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发表于 2012-2-26 00:08:02
