R语言 maigesPack包 deGenes2by2Wilcox()函数中文帮助文档(中英文对照)

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deGenes2by2Wilcox(maigesPack)
deGenes2by2Wilcox()所属R语言包：maigesPack

                                         Function to do differential expression analysis, comparing only two samples
                                         功能做差异表达分析，比较，只有两个样品

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes an object of class maiges and do differential expression analysis for the genes onto dataset, comparing only two samples, by the Wilcox (Mann-Withney) test.
这个函数需要一个对象类maiges“做差到数据集的基因表达分析，只有两个样本，比较威尔科克斯（曼 -  Withney）的测试。


用法----------Usage----------


deGenes2by2Wilcox(data=NULL, sLabelID=names(data@Slabels)[1], sTypeComp=NULL,
                  doClust=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
object of class maiges.
对象类maiges。


参数：sLabelID
character string giving the sample label ID to be used.
字符串提供样品标签标识的使用。


参数：sTypeComp
list with character vectors specifying the two sample types to be compared.
列出字符指定要比较两个样本类型的向量。


参数：doClust
logical indicating if the object generated from this analysis will be used for cluster analysis. Defaults to TRUE.
逻辑表明，如果从这个分析生成的对象将使用聚类分析。默认为true。


参数：...
additional parameters for functions t.test, wilcox.test or bootstrapT.
额外的功能参数t.test，wilcox.test或bootstrapT。


Details

详情----------Details----------

This function calculate Wilcox statistics and p-values for the test comparing the equality of means using the function wilcox.test.
此功能威尔科克斯统计和p值计算的使用功能wilcox.test的手段比较平等的测试。

There another function to do parametric t test , deGenes2by2Ttest, and another option of non-parametric test doing bootstrap of t statistics, deGenes2by2BootT.
还有另一个函数做参数t检验，deGenes2by2Ttest，和其他非参数检验t统计量的引导选项，deGenes2by2BootT。


值----------Value----------

The result of this function is an object of class maigesDE if doClust if FALSE or of class maigesDEcluster if it is TRUE.
这个函数的结果是一个类的对象maigesDE如果doClust如果为FALSE或类maigesDEcluster如果这是真的。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

wilcox.test, deGenes2by2Ttest and deGenes2by2BootT.
wilcox.test，deGenes2by2Ttest和deGenes2by2BootT。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Doing wilcoxon test fot 'Type' sample label[Wilcoxon检验FOT“类型”＃做样品标签]
gastro.wilcox = deGenes2by2Wilcox(gastro.summ, sLabelID="Type")
gastro.wilcox

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