R语言 maigesPack包 activeNet()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

activeNet(maigesPack)
activeNet()所属R语言包：maigesPack

                                        Functional classification of gene networks
                                         基因网络的功能分类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculate a statistic for each gene network in each biological condition that measure the profile of activation of the network in that condition. Also the function measures the significance of the results.
此函数计算每个基因网络的一个统计，在每一个生物的条件，在这种状态下测量激活的网络配置文件。此外，功能测量结果的意义。


用法----------Usage----------


activeNet(data=NULL, samples=NULL, sLabelID="Classification",
          type="Rpearson", bRep=1000, alternative = "greater",
          adjP="none")



参数----------Arguments----------

参数：data
object of class maiges to be used to functionally classify gene networks stored in Paths slot.
类对象maiges要使用的功能分类Paths插槽中的基因网络。


参数：sLabelID
character string specifying identification of sample label to be used.  
要使用字符串指定样品的标签标识。


参数：samples
a list with character vectors specifying the groups that must be compared.
指定组必须比较的字符向量列表。


参数：type
character string giving the type of correlation to be calculated. May be 'Rpearson' (default), 'pearson', 'kendall', 'spearman' or 'MI'.
字符串相关类型来计算。可能是“Rpearson”（默认），“培”，“肯德尔，”斯皮尔曼或心肌梗塞。


参数：bRep
integer number specifying the bootstraps to be done in the correlation test.
整数指定白手起家做相关测试。


参数：alternative
character string specifying the alternative hypotheses. May be 'greater' (default) to test the activity of the networks in accordance to the to the graph or 'less' to test the activity of the network antagonic to the graph.
字符串指定替代假说。可能是“大”（默认）测试按照网络活动，以图形或“少”，来测试网络antagonic的活动图。


参数：adjP
character string giving the type of p-value adjustment. May be 'Bonferroni', 'Holm', 'Hochberg', 'SidakSS', 'SidakSD', 'BH', 'BY' or 'none'. Defaults to 'none'. See function mt.rawp2adjp in package multtest for more details.
P-值调整的类型字符串。可能邦弗朗尼“，”霍尔姆“，”Hochberg“的”SidakSS，SidakSD，波黑，的或没有。默认为none。看到功能mt.rawp2adjp包中更多细节multtest的。


Details

详情----------Details----------

If the argument samples is NULL, all types defined by the sample label given by sLabelID are used. It is possible to use the plot.maigesActNet and image.maigesActNet methods to display the results of this analysis.
如果samples参数是NULL，由sLabelID用于给定的样本标签中定义的所有类型。使用plot.maigesActNet和image.maigesActNet方法的这一分析结果显示，这是可能的。


值----------Value----------

The result of this function is an object of class maigesActNet.
这个函数的结果是一个对象类maigesActNet。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

activeNetScoreHTML, maigesActNet, plot.maigesActNet, image.maigesActNet, mt.rawp2adjp
activeNetScoreHTML，maigesActNet，plot.maigesActNet，image.maigesActNet，mt.rawp2adjp


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Doing functional classification of gene networks for sample Label[＃做样品的标签功能分类基因网络]
## given by 'Tissue'[＃给“组织”]
gastro.net = activeNet(gastro.summ, sLabelID="Tissue")

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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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