R语言 made4包 sumstats()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sumstats(made4)
sumstats()所属R语言包：made4

                                        Summary statistics on xy co-ordinates, returns the slopes and distance from origin of each co-ordinate.
                                         汇总统计上的XY坐标，返回从各统筹原产地的坡度和距离。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a data.frame or matrix containing xy coordinates, it returns the slope and distance from origin of each coordinate.
data.frame或matrix含有XY坐标，它返回的斜坡和每个坐标原点的距离。


用法----------Usage----------


sumstats(array, xax = 1, yax = 2)



参数----------Arguments----------

参数：array
A data.frame or matrix containing xy coordinates, normally a \$co, \$li from dudi such as PCA or COA, or \$ls from  bga
一个data.frame或matrixxy坐标，通常是\ $合作，\ $dudi如PCA或农委会，或\ $ LS李从bga


参数：xax
Numeric, an integer indicating the column of the x axis coordinates. Default xax=1  
数字，一个整数，指示列的X轴坐标。默认XAX = 1


参数：yax
Numeric, an integer indicating the column of the x axis coordinates. Default xax=2  
数字，一个整数，指示列的X轴坐标。默认XAX = 2


Details

详情----------Details----------

In PCA or COA, the variables (upregulated genes) that are most associated with  a case (microarray sample), are those that are projected in the same direction  from the origin.
在PCA或农委会，（上调基因），大多数情况下（芯片样品）关联的变量，是那些预计在同一方向从源头。

Variables or cases that have a greater contribution to the variance in the data are projected further from the origin in PCA. Equally variables and cases with the strong  association have a high chi-square value, and are projected with greater distance  from the origin in COA, See a description from Culhane et al., 2002 for more details.
进一步变量或有更大的贡献，在数据的方差的情况下，预计在PCA的起源。同样具有很强的关联变量和情况具有较高的卡方值，并预计在农委会的起源与更大的距离，从Culhane等人，2002年更多的细节描述。

Although the projection of co-ordinates are best visualised on an xy plot, sumstats returns the slope and distance from origin of each x,y coordinate in a matrix.
虽然是最好的一个XY图上可视化统筹投影，sumstats返回原籍每个x坡度和距离，y坐标矩阵。


值----------Value----------

A matrix (ncol=3) containing
矩阵（NCOL = 3），其中包含


作者（S）----------Author(s)----------


Aedin Culhane



举例----------Examples----------


data(khan)

if (require(ade4, quiet = TRUE)) {

khan.bga<-bga(khan$train, khan$train.classes)}

plotarrays(khan.bga$bet$ls, classvec=khan$train.classes)
st.out<-sumstats(khan.bga$bet$ls)

# Get stats on classes  EWS and BL[获取类预警系统和“基本法”的统计]
EWS<-khan$train.classes==levels(khan$train.classes)[1]
st.out[EWS,]

BL<-khan$train.classes==levels(khan$train.classes)[2]
st.out[BL,]

# Add dashed line to plot to highlight min and max slopes of class BL[添加虚线绘制类BL突出的最小和最大的斜坡]
slope.BL.min<-min(st.out[BL,1])
slope.BL.max<-max(st.out[BL,1])
abline(c(0,slope.BL.min), col="red", lty=5)
abline(c(0,slope.BL.max), col="red", lty=5)


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