ord(made4)
ord()所属R语言包：made4
Ordination
协调
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Run principal component analysis, correspondence analysis or non-symmetric correspondence analysis
运行主成分分析，对应分析，非对称的对应分析
用法----------Usage----------
ord(dataset, type="coa", classvec=NULL,ord.nf=NULL, trans=FALSE, ...)
## S3 method for class 'ord'
plot(x, axis1=1, axis2=2, arraycol=NULL, genecol="gray25", nlab=10, genelabels= NULL, arraylabels=NULL,classvec=NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：dataset
Training dataset. A matrix, data.frame, ExpressionSet or marrayRaw-class. If the input is gene expression data in a matrix or data.frame. The rows and columns are expected to contain the variables (genes) and cases (array samples) respectively.
训练集。一个matrix，data.frame，ExpressionSet或marrayRaw-class。如果输入的是一个matrix或data.frame的基因表达数据。预计包含的变量（基因）和例（阵列样品）分别行和列。
参数：classvec
A factor or vector which describes the classes in the training dataset.
一个factor或vector它描述了在训练集的类。
参数：type
Character, "coa", "pca" or "nsc" indicating which data transformation is required. The default value is type="coa".
性格，“农委会”，“PCA”或“国科会”，表明这是必需的数据转换。默认值是类型=“农委会”。
参数：ord.nf
Numeric. Indicating the number of eigenvector to be saved, by default, if NULL, all eigenvectors will be saved.
数字。说明特征向量的数量被保存，默认情况下，如果为NULL，所有的特征值将被保存。
参数：trans
Logical indicating whether 'dataset' should be transposed before ordination. Used by BGA Default is FALSE.
逻辑表明是否集前应协调调换。 BGA的默认使用的是FALSE。
参数：x
An object of class ord. The output from ord. It contains the projection coordinates from ord, the \$co or \$li coordinates to be plotted.
对象类ord。从ord输出。它包含了ord，\ $合作或\ $李坐标绘制的投影坐标。
参数：arraycol, genecol
Character, colour of points on plot. If arraycol is NULL, arraycol will obtain a set of contrasting colours using getcol, for each classes of cases (microarray samples) on the array (case) plot. genecol is the colour of the points for each variable (genes) on gene plot.
字符，颜色积点。如果arraycol是NULL，arraycol将获得一组对比鲜明的色彩，使用的情况下，每个班（芯片样品）阵列（件）图getcol，。 genecol是每个变量（基因）的基因图的点的颜色。
参数：nlab
Numeric. An integer indicating the number of variables (genes) at the end of axes to be labelled, on the gene plot.
数字。被贴上一个整数，表示在轴的变量数（基因），基因图。
参数：axis1
Integer, the column number for the x-axis. The default is 1.
整数，列数为x轴。默认值是1。
参数：axis2
Integer, the column number for the y-axis, The default is 2.
整数，y轴的列数，默认是2。
参数：genelabels
A vector of variables labels, if genelabels=NULL the row.names of input matrix dataset will be used.
一个变量标签的向量，如果genelabels=NULL输入矩阵dataset row.names将使用。
参数：arraylabels
A vector of variables labels, if arraylabels=NULL the col.names of input matrix dataset will be used.
一个变量标签的向量，如果arraylabels=NULL输入矩阵dataset col.names将使用。
参数：...
further arguments passed to or from other methods.
通过进一步的论据或其他方法。
Details
详情----------Details----------
ord calls either dudi.pca, dudi.coa or dudi.nsc on the input dataset. The input format of the dataset is verified using array2ade4.
ord调用要么dudi.pca，dudi.coa或dudi.nsc对输入数据集。该数据集的输入格式验证使用array2ade4。
If the user defines microarray sample groupings, these are colours on plots produced by plot.ord.
如果用户定义芯片的样品分组，这些都是颜色plot.ord生产图。
Plotting and visualising bga results:
绘图和可视化BGA结果：
2D plots: plotarrays to draw an xy plot of cases (\$ls). plotgenes, is used to draw an xy plot of the variables (genes).
2D绘图：plotarrays绘制XY绘图的情况下（LS \ $）。 plotgenes，用于绘制XY绘图的变量（基因）。
3D plots: 3D graphs can be generated using do3D and html3D. html3D produces a web page in which a 3D plot can be interactively rotated, zoomed, and in which classes or groups of cases can be easily highlighted.
使用do3D和html3D3D绘图：可以生成三维图形。 html3D产生一个网页，其中一个三维图可以交互旋转，放大，并在其中类或群体的情况下，可以很容易地突出。
1D plots, show one axis only: 1D graphs can be plotted using graph1D. graph1D can be used to plot either cases (microarrays) or variables (genes) and only requires a vector of coordinates (\$li, \$co)
1D图，一轴只显示：一维图可以使用graph1D绘制。 graph1D可以用来绘制任何情况下（微阵列）或变量（基因），只需要一个向量坐标（\ $李，\ $合作）
Analysis of the distribution of variance among axes:
轴间的分布的方差分析：
The number of axes or principal components from a ord will equal nrow the number of rows, or the ncol, number of columns of the dataset (whichever is less).
轴或主要部件从一个ord将等于nrow的行数，或ncol，数据集的列数（以较少者为准）。
The distribution of variance among axes is described in the eigenvalues (\$eig) of the ord analysis. These can be visualised using a scree plot, using scatterutil.eigen as it done in plot.ord. It is also useful to visualise the principal components from a using a ord or principal components analysis dudi.pca, or correspondence analysis dudi.coa using a heatmap. In MADE4 the function heatplot will plot a heatmap with nicer default colours.
ord分析的特征值（\ $ EIG）中所述的轴间的分布差异。这些都可以可视化使用卵石的图，使用scatterutil.eigenplot.ord。使用ord或主要成分分析dudi.pca，或信件的dudi.coa用热图分析可视化的主要组成部分，它也是有用的。在MADE4的功能heatplot将1热图绘制更好的默认颜色。
Extracting list of top variables (genes):
提取列表顶部的变量（基因）：
Use topgenes to get list of variables or cases at the ends of axes. It will return a list of the top n variables (by default n=5) at the positive, negative or both ends of an axes. sumstats can be used to return the angle (slope) and distance from the origin of a list of coordinates.
使用topgenes得到变量或情况列表，在轴的两端。它会返回前n个变量的列表（默认n = 5）在一个轴的正面，负面或两者两端。 sumstats可以用来返回原点的坐标列表的角度（坡度）和距离。
值----------Value----------
A list with a class ord containing:
一类ord含名单：
参数：ord
Results of initial ordination. A list of class "dudi" (see dudi)
初步协调的结果。一个类“dudi”名单（见dudi）
参数：fac
The input classvec, the factor or vector which described the classes in the input dataset. Can be NULL.
该的输入classvec，factor或vector中描述的输入数据集类。可以为NULL。
作者（S）----------Author(s)----------
Aedin Culhane
参见----------See Also----------
See Also dudi.pca, dudi.coa or dudi.nsc, bga,
也见dudi.pca，dudi.coa或dudi.nsc，bga
举例----------Examples----------
data(khan)
if (require(ade4, quiet = TRUE)) {
khan.coa<-ord(khan$train, classvec=khan$train.classes, type="coa")
}
khan.coa
plot(khan.coa, genelabels=khan$annotation$Symbol)
plotarrays(khan.coa)
# Provide a view of the first 5 principal components (axes) of the correspondence analysis[对应分析提供了前5个主要组成部分的观点（轴）]
heatplot(khan.coa$ord$co[,1:5], dend="none",dualScale=FALSE)
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发表于 2012-2-26 00:01:58
