R语言 made4包 array2ade4()函数中文帮助文档(中英文对照)

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array2ade4(made4)
array2ade4()所属R语言包：made4

                                        Converts microarray input data into a data frame suitable for analysis
                                         芯片的输入数据转换成适合分析数据框

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Converts input data into a data.frame suitable for analysis in ADE4. This function is called by bga and other made4 function.
输入数据转换成数据框为适合在ADE4分析。此功能被称为bga和其他made4的功能。


用法----------Usage----------


array2ade4(dataset, pos = FALSE, trans = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：dataset
A matrix, data.frame,  ExpressionSet or marrayRaw-class.   If the input is gene expression data in a matrix or data.frame. The  rows and columns are expected to contain the variables (genes) and cases (array samples)  respectively.  
一个matrix，data.frame，ExpressionSet或marrayRaw-class。如果输入的是一个matrix或data.frame的基因表达数据。预计包含的变量（基因）和例（阵列样品）分别行和列。


参数：pos
Logical indicating whether to add an integer to dataset, to generate positive data.frame. Required  for dudi.coa or dudi.nsc.
逻辑表明是否要添加一个整数dataset，产生积极的data.frame。需要dudi.coa或dudi.nsc。


参数：trans
Logical indicating whether dataset should be transposed. Default is FALSE.
逻辑表明是否dataset应调换。默认FALSE。


Details

详情----------Details----------

bga and other functions in made4 call this function and it is generally <STRONG>not</STRONG> necessary to call array2ade4 this directly.
bga和在made4其他函数调用这个函数，它是一般<STRONG>不会</ strong>要调用array2ade4直接。

array2ade4 calls getdata, and will accept a matrix, data.frame,  ExpressionSet or marrayRaw-class format. It  will also transpose data or add a integer to generate a positive data matrix.
array2ade4呼吁getdata，将接受一个matrix，data.frame，ExpressionSet或marrayRaw-class格式。它也将转数据或添加一个整数，以产生积极的数据矩阵。

If the input data contains missing values (NA), these must first be removed or imputed (see the R libraries impute() or pamr()).  
如果输入的数据包含缺失值（NA）的，必须先删除或打杀（见的R库归罪于（）或PAMR（））。


值----------Value----------

Returns a data.frame suitable for analysis by ade4 or made4 functions.
返回适合分析ADE4或made4功能的数据框。


作者（S）----------Author(s)----------


Aedin Culhane



参见----------See Also----------

getdata,as in the Bioconductor package convert.
getdata，as在Bioconductor包转换。


举例----------Examples----------


library(affy)
data(geneData)
class(geneData)
dim(geneData)
dim(array2ade4(geneData))
class(array2ade4(geneData))

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