R语言 macat包 stjd()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

stjd(macat)
stjd()所属R语言包：macat

                                        Subset Microarray Data from St.Jude Children Research Hospital (USA)
                                         St.Jude儿童研究医院（美国）的子集，微阵列数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Example for list-structure used by many functions in MACAT. It's based on the gene expression data published by Yeoh et al. (2002) The data has been preprocessed using 'vsn' on probe level and the probe values have been summed up to probe set values using the 'median polish' procedure. This is a subset of the data, containing only the data for the 5000 probe sets with the highest variance across the samples and for 10 exemplary samples, 5 from T-lymphocytic Acute Lymphocytic Leukemia (ALL) and 5 from B-lymphocytic ALL.
示例中使用的由麦科特许多功能列表结构。它是基于公布的数据汇等的基因表达。 （2002年）的数据已预处理使用VSN“水平探针和探针值已总结探测使用”位数波兰“程序的设定值。这是数据的一个子集，包含与整个样品和10模范样本，5的T淋巴单元急性淋巴单元白血病（ALL）和5的B-淋巴单元所有的最高差额只有5000探针台的数据。


用法----------Usage----------


data(stjd)



格式----------Format----------

List of class 'MACATData' with 6 components:
名单类MACATData“6个部分组成：




geneName: Identifiers of genes/probe sets in expression data
geneName：基因表达数据的标识符/探针组




geneLocation: Location of genes on their chromosome as distance from
geneLocation：他们的距离染色体上的基因的位置




chromosome: Chromosome of the respective gene. Components
染色体：染色体各自的基因。组件




expr: expression matrix with rows = genes and columns = samples/patients
expr的表达与行=基因和列矩阵=采样/病人




labels: (disease) subtype of each sample, has length = number
标签：（病）亚型，每个样品的长度=数量




chip: Identifier for Microarray used for the experiments
用于实验的微阵列芯片：标识符


注意----------Note----------

For the full data package see the Bioconductor data package stjudem. If it is not already installed on your system, try source("http:\www.bioconductor.org\biocLite.R");     biocLite("stjudem")
对于完整的数据包，看到Bioconductor数据包stjudem。如果它尚未被安装在系统上，尝试source("http:\www.bioconductor.org\biocLite.R");     biocLite("stjudem")


参考文献----------References----------

subtype discovery, and prediction of outcome in pediatric acute  lymphoblastic leukemia by gene expression profiling. Cancer Cell.  March 2002. 1: 133-143.  

参见----------See Also----------

buildMACAT,stjude in package 'stjudem' for
buildMACAT，stjude包“stjudem


举例----------Examples----------


data(stjd)
summary(stjd)

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