evaluateParameters(macat)
evaluateParameters()所属R语言包：macat
Evaluate Performance of Kernel Parameters by Cross-validation
交叉验证评估内核参数性能
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
For a given data set, chromosome, class, and kernel function, this function helps in determining optimal settings for the kernel parameter(s). The performance of individual parameter setting is assessed by cross- validation.
对于一个给定的数据集，染色体，类，和内核功能，此功能可以帮助确定最佳设置的内核参数（S）。个别参数设置的性能进行评估交叉验证。
用法----------Usage----------
evaluateParameters(data, class, chromosome, kernel, kernelparams = NULL,
paramMultipliers = 2^(-4:4), subset = NULL,
newlabels = NULL, ncross = 10, verbose = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：data
Gene expression data in the MACAT list format. See data(stjude) for an example.
在麦科特列表格式的基因表达数据。见为例数据（stjude）。
参数：class
Sample class to be analyzed
Sample类进行分析
参数：chromosome
Chromosome to be analyzed
染色体进行分析
参数：kernel
Choose kernel to smooth scores along the chromosome. Available are 'kNN' for k-Nearest-Neighbors, 'rbf' for radial-basis-function (Gaussian), 'basePairDistance' for a kernel, which averages over all genes within a given range of base pairs around a position.
选择内核沿染色体的顺利得分。可用“kNN的K-最近邻”，“RBF径向基函数（高斯），”basePairDistance“为内核，这对所有基因碱基对周围的位置范围内的平均。
参数：kernelparams
Additional parameters for the kernel as list, e.g., kernelparams=list(k=5) for taking the 5 nearest neighbours in the kNN-kernel. If NULL some defaults are set within the function.
额外的内核参数列表，例如，kernelparams =列表（K = 5）服用5最近邻居kNN的内核。如果为NULL的一些默认设置在函数内。
参数：paramMultipliers
Numeric vector. If you do cross-validation of the kernel parameters, specify these as multipliers of the given (standard) kernel parameter, depending on your kernel choice (see page 5 of the vignette). The multiplication results are the kernel argument settings, among which you want to search for the optimal one using cross-validation.
数字向量。如果你做交叉验证的内核参数，指定为给定的（标准）的内核参数的乘数，这取决于你的内核选择（见“小插曲”第5页）。乘法结果的内核参数设置，其中，你要寻找的最佳使用交叉验证。
参数：subset
If a subset of samples is to be used, give vector of column- indices of these samples in the original matrix here.
如果是用于样品的一个子集，在原始矩阵列这些样本指数的向量。
参数：newlabels
If other labels than the ones in the MACAT-list-structure are to be used, give them as character vector/factor here. Make sure argument 'class' is one of them.
如果除麦科特列表结构的其他标签被使用，他们在这里给特征向量/因素。确保参类就是其中之一。
参数：ncross
Integer. Specify how many folds in cross-validation.
整数。指定交叉验证的很多倍。
参数：verbose
Logical. Should progress be reported to STDOUT?
逻辑。报告应该进展到STDOUT？
值----------Value----------
A list of class 'MACATevP' with 4 components:
一类MACATevP 4组件的列表：
参数：[parameterName]
List of assessed settings for the parameter [parameterName].
列出的参数[parameterName [。评估设置。
参数：avgResid
Average Residual Sum of Squares for the parameter settings in the same order as the first component.
在第一部分的顺序相同的参数设置的平方平均残差。
参数：multiplier
Multiplier of the original parameters in the same order as the first components.
在同一顺序的第一个组件的原始参数的乘数。
参数：best
List of parameter settings considered optimal by cross- validation. Can be directly inserted under the argument 'kernelparams' of the 'evalScoring' function.
审议通过交叉验证参数设置名单最佳。可以直接插下的参数kernelparams“的”evalScoring功能。
作者（S）----------Author(s)----------
MACAT development team
参见----------See Also----------
evalScoring
evalScoring
举例----------Examples----------
data(stjd)
evalkNN6 <- evaluateParameters(stjd, class="T", chromosome=6,kernel=kNN,
paramMultipliers=c(0.01,seq(0.2,2.0,0.2),2.5))
if (interactive()&&capabilities("X11"))
plot(evalkNN6)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 23:58:13
