R语言 macat包 discretize.tscores()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

discretize.tscores(macat)
discretize.tscores()所属R语言包：macat

                                        Discretize regularized t-scores
                                         离散化正规化的T-分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

discretize.tscores returns a discretized version of the scores in the MACATevalScoring object. Discretization is performed by comparing the value gene-wise (location-wise) with the symmetric  upper and lower quantile given by margin (in percent margin/2 lower and upper quantile). discretizeAllClasses produces a flatfile readable by PYTHON.
discretize.tscores返回分数在MACATevalScoring对象的离散版本。离散化是由对称的上下缘定的位数（百分比保证金/ 2上下位数）比较明智的基因（位置上）的价值。 discretizeAllClasses产生1平面文件由Python可读。


用法----------Usage----------


discretize.tscores(scores)
discretizeAllClasses.tscores(data, chrom, nperms=10, kernel=rbf, kernelparams=NULL, step.width=100000)



参数----------Arguments----------

参数：scores
a MACATevalScoring object obtained from evalScoring  
1 MACATevalScoring对象从evalScoring获得


参数：data
a MACATData Object containing all expression values, geneLocations and labels  (obtained from preprocessedLoader)  
1 MACATData对象包含所有表达式的值，geneLocations和标签（从preprocessedLoader的取得）


参数：chrom
chromosome that is discretized  
离散的染色体


参数：nperms
number of permutations for the computation of empirical p values (evalScoring)  
排列数计算经验P值（evalScoring）


参数：kernel
kernel function used for smoothing one of rbf, kNN, basePairDistance or your own  
用于平滑的RBF之一，KNN，basePairDistance或自己的核心功能


参数：kernelparams
list of parameters for the kernels  
为内核的参数列表


参数：step.width
size of a interpolation step in basepairs  
在碱基插步的大小


Details

详情----------Details----------

The filename for the python flat files are  discrete_chrom_<chrom>_class_<label>.py  where <chrom> and <label> are the names of the chromosome and class label.
蟒蛇平面文件的文件名是discrete_chrom_<chrom>_class_<label>.py<chrom>和<label>染色体的名称和类的标签。


值----------Value----------


参数：discretize.tscores
a vector of discretized tscores  
一个离散tscores的向量


参数：discretizeAllClasses.tscores
creates python flatfiles (see details)  
创建蟒蛇flatfiles（见详情）


作者（S）----------Author(s)----------


  The MACAT development team



参见----------See Also----------

evalScoring, kernels, pythondata
evalScoring，kernels，pythondata


举例----------Examples----------


  #loaddatapkg("stjudem")[loaddatapkg（“stjudem”）]
  #data(stjude)[数据（stjude）]
  data(stjd)
  # simple scoring with short running time[运行时间短，简单的评分]
  scores = evalScoring(stjd, "T", 1, nperms=100, cross.validate=FALSE)
  discrete = discretize.tscores(scores)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。