R语言 macat包 discreteKernelize()函数中文帮助文档(中英文对照)

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discreteKernelize(macat)
discreteKernelize()所属R语言包：macat

                                        Discretize and smooth expression values
                                         离散和平滑表达式的值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

returns discretized kernelized expression values and saves them to a file if argument 'saveToFile' is TRUE.  For details on discretization see discretize.
回报离散化，核心化的表达值，并将它们保存到一个文件，如果参数“的SaveToFileTRUE。有关离散的详细信息，请参阅discretize。


用法----------Usage----------


discreteKernelize(data, chrom, margin = 10, step.width = 1e+05, kernel = rbf,
                  kernelparams = list(gamma = 1/10^13), saveToFile = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：data
MACATData Object  
MACATData对象


参数：chrom
chromosome to kernelize
染色体kernelize


参数：margin
symmetric qunatile in percent  
对称qunatile在％


参数：step.width
size of the interpolation steps  
大小插值步骤


参数：kernel
kernel function one of rbf, kNN, basePairDistance or your own  
RBF核函数之一，KNN，basePairDistance或自己


参数：kernelparams
list of named kernel parameters  
命名的内核参数列表


参数：saveToFile
logicval indicating whether to write a flatfile or not; default is FALSE
logicval指示是否写一个平面文件或默认为false


Details

详情----------Details----------

Filename of the flatfile is:  discrete_kernelized_seq_margin_<margin>_chrom_<chrom>.py where <margin> is the discretization parameter and <chrom> the name of the chromosome.
平面文件的文件名是：discrete_kernelized_seq_margin_<margin>_chrom_<chrom>.py<margin>是离散参数和的名称<chrom>染色体。


值----------Value----------

discretized and kernelized expression matrix
离散化和核心化表达矩阵


作者（S）----------Author(s)----------


The MACAT Development team



参见----------See Also----------

pydata, kernelizeAll
pydata，kernelizeAll


举例----------Examples----------


   #loaddatapkg("stjudem")[loaddatapkg（“stjudem”）]
   #data(stjude)[数据（stjude）]
   data(stjd)
   discretizedKernelized = discreteKernelize(stjd, 13)

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