R语言 maanova包 summarytable()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

summarytable(maanova)
summarytable()所属R语言包：maanova

                                        Summarize the matest result.
                                         总结了matest结果。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function returns list of probe ID with p-value, FDR adjusted p-value or fold change selected by given threshold.
这个函数返回的探针与p值的ID列表，FDR校正p值或给定阈值选择的fold change。


用法----------Usage----------


summarytable(matestobj, method=c("Fold.change","Pvalperm","adjPvalperm"),
     test =c("F1","Fs"),whichTest=c("F1.Pvalperm","F1.adjPvalperm",
         "Fs.Pvalperm","Fs.adjPvalperm"),
         threshold, outfile="summarytable.csv")



参数----------Arguments----------

参数：matestobj
An object of class matest, which is the result from matest.
一个对象的类matest，是结果matest。


参数：method
Results that you want to include in the output among Fold.change, Pvalperm and adjPvalperm. Default is possible every field.
结果要在之间的Fold.change，Pvalperm和adjPvalperm输出包括。默认情况下是可能的各个领域。


参数：test
Test that you want to include in the output among F1, Fs and Fss. Default is possible every test.
测试要包括在F1，FS和FSS之间的输出。默认情况下是可能的每一次考验。


参数：whichTest
Test result used to get the subset. If whichTest is not provided, save all result.  
试验结果得到的子集。如果whichTest不提供，保存所有的结果。


参数：threshold
Threshold that you want to get the subset. If threshold is not provided, save all result.
阈值，你想要得到的子集。如果没有提供阈值，保存所有的结果。


参数：outfile
File name that you want to save the result. Default name is 'summarytable.csv'
文件名要保存结果。默认名称是summarytable.csv


Details

详情----------Details----------

This function use
使用这个功能


值----------Value----------


参数：result
It returns result fields (among Fold.change, P-value or adjust P-value if you selected) from test statistics (among F1, Fs or Fss statistics if you selected), subsetted by given statistics ('whichtest') is smaller than 'threshold'.
从测试统计（F1，FS或FSS如果你选择的统计中）由给出的统计数据子集，它返回的结果领域（，其中Fold.change，P值或调整P值，如果您选择）（“whichtest）小于阈值。


参数：outfile
.csv file saved under the working directory.
工作目录下保存。csv文件。


作者（S）----------Author(s)----------


Hyuna Yang



举例----------Examples----------


data(abf1)
## Not run:  [＃无法运行：]
fit.full.simple = fitmaanova(abf1,formula = ~ Strain)
# F-test strain effect[F-检验应变效应]
ftest.all = matest(abf1, fit.full.simple, term="Strain", n.perm= 1000)
# make FDR adjusted P values[FDR校正后的P值]
ftest.all = adjPval(ftest.all, 'jsFDR')
summarytable(ftest.all, outfile='all.csv')
smallset = summarytable(ftest.all, method ='Pvalperm',
test=c('F1','Fs'), whichTest='Fs.Pvalperm', threshold = 0.1)


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