gridcheck(maanova)
gridcheck()所属R语言包：maanova
Plot grid-by-grid data comparison for arrays
图网格通过网格数组的数据比较
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is used to check microarray data quality. It can check the data within the same array or cross different arrays.
此功能用于检查芯片的数据质量。它可以检查在同一阵列中的数据或跨越不同的阵列。
Normally, on one array, the intensity data for both channels (Cy5 and Cy3) should be highly correlated (also apparent on the RI plot). The intensity data for the same sample on different arrays should be highly correlated too. Normally if an error happened in gridding, only a few blocks will be gridded. This function does the scatter plot on a grid basis to check the quality of hybridization and gridding.
通常情况下，一个阵列，两个通道（Cy5和Cy3标记）的强度数据应高度相关（上RI图也明显）。同一样品在不同的阵列强度数据应高度相关。一般来说，如果一个错误发生在网格，只有几个街区将网格。此功能检查杂交和网格质量网格基础上的散点图。
If you only provide array1 (either an integer or a vector), it will do grid check within the same array, that is, for each slide, there will be one scatter plot for log2(Red) versus log2(Green) for each grid. If you provide array1 and array2 (both need to be one integer), it will check the data for the same sample (sample ID information is in experimental design) for these two arrays. If there's no common sample on these two arrays, the function will report an error.
如果你只提供array1的（整数或向量），它会做同一阵列内的网格检查，就是为每个幻灯片，将是一个分散为log2（红色）与为log2（绿色）为每个网格的图。如果您提供array1和array2（都需要有一个整数），它会检查这两个数组相同的样本数据（样品编号信息是在实验设计）。如果没有共同的样本这两个数组，函数将报告一个错误。
In either case, you should see a nearly linear curve in all plots. If there were errors in hybridization and/or gridding, some of the plots will look messy. Then you have to check if something wrong happened, e.g., miss labeling, wrong gridding, etc.
在这两种情况下，你应该看到在所有图的近线性曲线。如果有错误的杂交和/或网格，一些图会显得杂乱。然后，你必须检查是否做错事发生，例如，小姐的标签，错误的网格，等
If you don't have grid information for the data, this function will be unavailable.
如果你没有电网的数据信息，此功能将不可用。
Note that this function only works for 2-dye array.
请注意，此功能仅用于2染料阵列工作。
用法----------Usage----------
gridcheck(rawdata, array1, array2, highlight.flag = TRUE, flag.color = "Red",
margin = c(3.1, 3.1, 3.1, 1.1))
参数----------Arguments----------
参数：rawdata
An object of class madata.
对象类madata。
参数：array1
A list of array numbers for which you want to do grid checking. All arrays will be checked by default. If you want to compare the same sample across arrays, this parameter must be an integer to indicate the first array number.
数组号码为你想要做的网格检查列表。默认情况下，将检查所有的数组。如果你想比较不同阵列相同的样本，这个参数必须是一个整数表示数组的第一个号码。
参数：array2
The second array number if you want to do cross array comparisons.
第二个数组数，如果你想要做的十字阵比较。
参数：highlight.flag
A logical parameter to indicate whether to highlight the bad spot or not.
逻辑参数指示是否突出当场或不坏。
参数：flag.color
The color for bad spot; default is red.
坏点的颜色，默认是红色的。
参数：margin
A numerical vector of the form c(bottom, left, top, right) which gives the lines of the margin to be specified on the four sides of the plot. Read par for details.
一个表格C（下，左，上，右）为保证金的要四面图指定的数值向量。读par详情。
注意----------Note----------
This function will plot one figure for each array. So if you have many arrays, there will be many figures generated.
此功能将绘制一个数字为每个阵列。所以，如果你有很多的阵列，将产生许多数字。
作者（S）----------Author(s)----------
Hao Wu
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
# load in data[数据加载]
data(kidney)
# grid check on the first arrays[网格检查的第一阵列]
gridcheck(kidney.raw, array1=1, margin=c(1,1,1,1))
graphics.off()
# grid check array 1 versus array 2[格检查阵列与阵列2 1]
gridcheck(kidney.raw, array1=1, array2=2)
graphics.off()
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 23:55:31
