R语言 maanova包 geneprofile()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

geneprofile(maanova)
geneprofile()所属R语言包：maanova

                                        Expression plot for selected genes
                                         对选定的基因的表达图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function generate a plot with many lines. Each line represents a gene. The y-axis is the estimated expression level for the given factor from ANOVA model. The x-axis is for the levels of the give factor, e.g., different strains.
这个函数生成一个多线的图。每一行代表一个基因。 y轴是从方差分析模型因子的表达水平估计。 x轴是给予的因素，例如，不同品系的水平。


用法----------Usage----------


geneprofile(anovaobj, term, geneidx,
            col="blue", type="b", ylim, xlab, ylab, ...)



参数----------Arguments----------

参数：anovaobj
An object of class maanova. It should be the result from fitmaanova.
对象类maanova。它应该是结果fitmaanova。


参数：term
The terms to be plotted.
要绘制的条款。


参数：geneidx
The index of genes to be plotted.
要绘制的基因指数。


参数：col
The color to be used in plot.
在图的颜色。


参数：type
The line type.
线路类型。


参数：ylim
Y-axis limit.
Y轴的限制。


参数：xlab
X-axis label.
X轴的标签。


参数：ylab
Y-axis label.
Y轴的标签。


参数：...
Other parameters to be passed to plot.
其他参数被传递到plot。


作者（S）----------Author(s)----------


Hao Wu



举例----------Examples----------


# load in data[数据加载]
data(abf1)
# fit the anova model[符合方差分析模型]
## Not run: [＃无法运行：]
fit.fix = fitmaanova(abf1,formula = ~Strain)
# test Strain effect [测试应变效应]
test.fix = matest(abf1, fit.fix, term="Strain",n.perm= 1000)
# pick significant genes - pick the genes selected by Fs test[挑显着的基因 - 接由呋喃试验选定的基因]
idx <- volcano(test.fix)$idx.Fs
geneprofile(fit.fix, "Strain", idx)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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