R语言 lumi包 produceGEOPlatformFile()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

produceGEOPlatformFile(lumi)
produceGEOPlatformFile()所属R语言包：lumi

                                         Produce GEO Platform Submission File in SOFT format
                                         生产软格的GEO平台提交的文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Produce GEO Sample Submission File in SOFT format based on the provided LumiBatch object and Illumina ID Mapping library
生产GEO样品软格式提交文件的基础上提供LumiBatch对象和Illumina的ID映射库


用法----------Usage----------


produceGEOPlatformFile(x.lumi, lib.mapping = NULL, nuIDMode = TRUE, includeAllChipProbe=FALSE, fileName = "GEOPlatformFile.txt")



参数----------Arguments----------

参数：x.lumi
The LumiBatch object keeping all probes  
LumiBatch对象保持所有探针


参数：lib.mapping
The Illumina ID Mapping library, e.g., "lumiHumanIDMapping"  
Illumina的ID映射库，例如，“lumiHumanIDMapping”


参数：nuIDMode
Determine whether producing the platform indexed by nuID  
确定是否生产平台索引由nuID的


参数：includeAllChipProbe
Determine whether including all probes in the Manifest file or just the probes used in the x.lumi object  
确定是否包括所有的Manifest文件中的探针或只是在使用的x.lumi对象探针


参数：fileName
Filename of the GEO Platform File name  
GEO的平台文件名的文件名


Details

详情----------Details----------

The function produces the GEO platform submission file based on the chip information kept in the Illumina ID Mapping library (specified by lib.mapping parameter). The determination of chip type will be automatically done by selecting the best matching of the probe IDs with individual chips.
函数产生保持在Illumina的ID映射库（由lib.mapping参数指定）芯片信息为基础的GEO平台提交的文件。芯片类型的确定，将自动选择最佳匹配的单个芯片的探针标识。


值----------Value----------

Save the result as a text file in SOFT platform submission format.
作为一个软平台提交格式的文本文件中保存的结果。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


# data(example.lumi)[数据（example.lumi）]
# produceGEOPlatformFile(example.lumi, lib.mapping='lumiHumanIDMapping')[produceGEOPlatformFile（example.lumi，lib.mapping =的“lumiHumanIDMapping）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。