R语言 lumi包 plotControlData()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotControlData(lumi)
plotControlData()所属R语言包：lumi

                                         Plot the mean expression (with standard deviation bar) of different type of control probes
                                         绘制不同类型的控制探针的平均表达（标准偏差栏）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot the mean intensity (with standard deviation bar) of different type of control probes. Multiple control types can be plotted in a single plot. The available control types can be get by running getControlType(controlData).
绘制控制探针的不同类型的平均强度（标准偏差栏）。多个控制类型可以在一个单一的图策划。可用的控制类型可以得到运行getControlType（controlData）。


用法----------Usage----------


plotControlData(controlData, type = NULL, slideIndex = NULL, logMode = FALSE, new = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：controlData
a LumiBatch object including control data, a control data data.frame, a MethyLumiQC object or a MethyLumiM object including MethyLumiQC control data
1 LumiBatch对象，包括控制数据，控制数据的数据框，MethyLumiQC对象或MethyLumiM对象包括MethyLumiQC控制数据


参数：type
the control probe type (case insensitive), which can be get by running getControlType(controlData)  
控制探针类型（不区分大小写），这可以通过运行getControlType（controlData）


参数：slideIndex
the slide index or ID corresponding to each sample  
每个样本对应的幻灯片索引或ID


参数：logMode
whether show the data in log2 scale  
是否表明以log2规模的数据


参数：new
whether refresh the new plot or add it on the old one   
是否刷新了新的图或添加到旧


参数：...
other parameters used by default plot function  
其他参数使用默认的绘图功能


Details

详情----------Details----------

When multiple control types are selected, they will be plotted in a two-column plot.  For methylation data, the red and green channels will be plotted respectively in red and green colors.
当多个控制类型的选择，他们将在一个两列的图策划。甲基化数据，红色和绿色通道，将分别在红色和绿色的色彩绘制。


值----------Value----------

plot the picture and invisibly return TRUE if everything is OK
绘制图片和无形返回TRUE，如果一切正常


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参见----------See Also----------

addControlData2lumi and addControlData2methyLumiM  
addControlData2lumi和addControlData2methyLumiM


举例----------Examples----------


        controlFile <- system.file('doc', 'Control_Probe_Profile.txt', package='lumi')
        controlData <- getControlData(controlFile)
        getControlType(controlData)
        plotControlData(controlData, type='NEGATIVE')

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