R语言 lumi包 plot-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plot-methods(lumi)
plot-methods()所属R语言包：lumi

                                        Plot of a ExpressionSet object
                                         积1 ExpressionSet对象的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creating quality control plots of a ExpressionSet object
建立质量控制图一个ExpressionSet对象


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'ExpressionSet,missing'
plot(x, what = c("density", "boxplot", "pair", "MAplot", "sampleRelation", "outlier", "cv"), main, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a ExpressionSet object returned by lumiQ  
1 ExpressionSet对象返回lumiQ


参数：what
one of the six kinds of QC plots  
质量控制图的6种


参数：main
the title of the QC plot  
质控图的标题


参数：...
additional parameters for the corresponding QC plots  
额外的参数为相应的质量控制图


Details

详情----------Details----------

The parameter "what" of plot function controls the type of QC plots, which includes:
参数“”plot功能控制QC图，其中包括：

density: the density plot of the chips, see hist-methods
密度：密度芯片的图，看到hist-methods

boxplot: box plot of the chip intensities, see boxplot-methods
盒形图：盒芯片强度的图，看到boxplot-methods

pair: the correlation among chips, plot as a hierarchical tree, see pairs-methods
一双：芯片，作为一个层次树的图之间的关系，看到pairs-methods

MAplot: the MAplot between chips, see MAplot-methods
MAplot：芯片之间的MAplot，看到MAplot-methods

sampleRelation: plot the sample relations. See plotSampleRelation
sampleRelation：积样品关系。看到plotSampleRelation

outlier: detect the outliers based on the sample distance to the center. See  detectOutlier
离群：检测样本到中心的距离为基础的离群。看到detectOutlier

cv: the density plot of the coefficients of variance of the chips. See estimateLumiCV
CV：密度芯片的变异系数图。看到estimateLumiCV


参见----------See Also----------

LumiBatch-class, hist-methods, boxplot-methods, MAplot-methods, pairs-methods, plotSampleRelation, estimateLumiCV, detectOutlier
LumiBatch-class，hist-methods，boxplot-methods，MAplot-methods，pairs-methods，plotSampleRelation，estimateLumiCV，detectOutlier


举例----------Examples----------



## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## Quality control estimation[＃质量控制估计]
lumi.Q <- lumiQ(example.lumi)

## summary[＃摘要]
summary(lumi.Q)

## plot the density[＃绘制的密度。]
plot(lumi.Q, what='density')

## plot the pairwise sample correlation[＃绘制成对样本相关。]
plot(lumi.Q, what='pair')

## plot the pairwise MAplot[＃画出成对MAplot。]
plot(lumi.Q, what='MAplot')

## sample relations[＃样品的关系]
plot(lumi.Q, what='sampleRelation', method='mds', color=c('100US', '95US:5P', '100US', '95US:5P'))

## detect outlier based on the distance to the mean profile[＃检测离群基础上的距离，以平均配置]
plot(lumi.Q, what='outlier')

## Density plot of coefficient of variance[＃密度变异系数图]
plot(lumi.Q, what='cv')


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