R语言 lumi包 methylationCall()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

methylationCall(lumi)
methylationCall()所属R语言包：lumi

                                         Estimated methylation call
                                         估计甲基通话

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimated methylation call based on the fitting results of gammaFitEM
gammaFitEM拟合结果的基础上估计甲基调用


用法----------Usage----------


methylationCall(x, threshold = 0.95, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a vector of M-values covering the whole genome or a "gammaFit" class object returned by gammaFitEM  
m值的向量，覆盖整个基因组或一个“gammaFit”的类的对象返回gammaFitEM


参数：threshold
the probability threshold to make a methylation call. The threshold can be a vector of two: unmethylation threshold and methylation threshold
概率阈值，使甲基化呼叫。阈值可以是两个矢量：甲基化的阈值和甲基化的阈值


参数：...
other parameters used by gammaFitEM  
gammaFitEM使用其他参数


Details

详情----------Details----------

Retrieve the probability element returned by gammaFitEM, and convert it as three status calls based on probability threshold
检索的概率元素返回gammaFitEM，并转换为三种状态，调用基于概率阈值


值----------Value----------

A vector of three methylation status: "Unmethy" (unmethylation posterior probability > unmethylation threshold), "Methy" (methylation posterior probability > methylation threshold), or "Margin". The sum of unmethylation posterior probability and methylation posterior probability equals one. The methylation probability is returned as an attribute of "probability".
三甲基化状态的一个向量：“Unmethy”（甲基化后验概率>甲基化阈值），“甲基”（甲基化后验概率>甲基阈值），或“保证金”。后验概率的甲基化和甲基化后验概率的总和等于一。甲基化的几率则返回作为一个“概率”的属性。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan DU



参见----------See Also----------

gammaFitEM
gammaFitEM


举例----------Examples----------


data(example.lumiMethy)
M <- exprs(example.lumiMethy)
fittedGamma <- gammaFitEM(M[,1], initialFit=NULL, maxIteration=50, tol=0.0001, plotMode=TRUE, verbose=FALSE)
methyCall <- methylationCall(fittedGamma)
table(methyCall)

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