R语言 lumi包 lumiQ()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

lumiQ(lumi)
lumiQ()所属R语言包：lumi

                                         Quality control evaluation of the LumiBatch object
                                         质量控制评价的LumiBatch对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Quality control evaluation of the LumiBatch object and returns a summary of the data
质量控制的LumiBatch对象的评价和返回的数据汇总


用法----------Usage----------


lumiQ(x.lumi, logMode = TRUE, detectionTh = 0.01, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x.lumi
a LumiBatch object  
1 LumiBatch对象


参数：logMode
transform as log2 or not (the function can check whether it is already log transformed.)
转化为log2或不（该功能可以检查是否已经登录转变。）


参数：detectionTh
the detection threshold used by detectionCall   
检测阈值，使用detectionCall


参数：verbose
a boolean to decide whether to print out some messages  
一个布尔值，决定是否打印出一些消息


Details

详情----------Details----------

Quality control of a LumiBatch object includes estimating the mean and standard deviation of the chips, detectable probe ratio of each chip, sample (chip) relations, detecting outliers of samples (chips). The produced QC information is kept in the QC slot of LumiBatch class. The summary function will provide a summary of the QC information (See example).
质量控制一个LumiBatch对象包括估计的均值和标准差的芯片，每个芯片的检测探针比，样品（芯片）的关系，检测离群样本（筹）。生产的QC信息被保存在QC LumiBatch类插槽。汇总函数将提供的QC信息摘要（范例）。


值----------Value----------

a LumiBatch object with QC slot keeping the QC information
保持与质量控制槽LumiBatch对象的QC信息


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参见----------See Also----------

LumiBatch, plot,ExpressionSet-method
LumiBatch，plot,ExpressionSet-method


举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## Do quality control estimation[＃质量控制估计]
lumi.Q <- lumiQ(example.lumi)

## A summary of the QC[＃的QC摘要]
summary(lumi.Q, 'QC')

## Plot the results[＃绘制的结果。]
## plot the pairwise sample correlation[＃绘制成对样本相关。]
plot(lumi.Q, what='pair')

## see more examples in "plot,ExpressionSet-method" help documents[＃看到更多的例子在“图，ExpressionSet法”的帮助文档]


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