R语言 lumi包 lumiMethyC()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

lumiMethyC(lumi)
lumiMethyC()所属R语言包：lumi

                                         Color bias adjust of Illumina Infinium methylation data
                                         Illumina的Infinium甲基化数据的调整色彩偏差

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Color bias adjust of Illumina Infinium methylation data, which is an object in MethyLumiM class.
Illumina的Infinium甲基化数据的调整色彩偏差，这是一个MethyLumiM类的对象。


用法----------Usage----------


lumiMethyC(methyLumiM, method = c("quantile", "ssn", "none"), verbose = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：methyLumiM
a MethyLumiM object includes Illumina Infinium methylation data
1 MethyLumiM对象包括Illumina的Infinium甲基化数据


参数：method
color bias adjustment methods or user provided function, see "details" for more information of user defined function.  
色彩偏差的调整方法或用户提供的功能，为用户定义函数的更多信息见“细节”。


参数：verbose
a boolean to decide whether to print out some messages  
一个布尔值，决定是否打印出一些消息


参数：...
other parameters used by corresponding method  
通过相应的方法使用的其他参数


Details

详情----------Details----------

The first two arguments of the user defined function should be two intensity matrix (pool of methylated and unmethylated probe intensities) of red and green channel respectively. The return of the user defined function should be a list including color adjusted matrix of red and green channel. For example: return(list(red=redData, green=grnData)). "redData" and "grnData" are two color adjusted matrix.
用户定义的函数的前两个参数应该是两个强度矩阵的红色和绿色通道（甲基化和甲基化的探针强度池）。用户定义的函数的返回应该包括红色和绿色通道的颜色调整矩阵列表。例如：回报（名单（红色= redData绿色= grnData））。 “redData”和“grnData”两种颜色调整矩阵。


值----------Value----------

Return an object (same class as input methyLumiM) with updated "methylated" and "unmethylated" data matrix after background level adjustment.
与更新“甲基化”和“甲基化”的数据矩阵背景水平调整后返回一个对象（输入methyLumiM同一类）。


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See Also adjColorBias.quantile and adjColorBias.ssn
adjColorBias.quantile和adjColorBias.ssn


举例----------Examples----------


data(example.lumiMethy)
# before adjustment[调整前]
plotColorBias1D(example.lumiMethy)
# plot in 2D plot of one selected sample[图在一个所选样本的2D绘图]
plotColorBias2D(example.lumiMethy, selSample = 1)
lumiMethy.adj = lumiMethyC(example.lumiMethy)
# after adjustment[调整后]
plotColorBias1D(lumiMethy.adj)
# plot in 2D plot of one selected sample[图在一个所选样本的2D绘图]
plotColorBias2D(lumiMethy.adj, selSample = 1)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。