R语言 lumi包 lumiExpresso()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

lumiExpresso(lumi)
lumiExpresso()所属R语言包：lumi

                                        From raw Illumina probe intensities to expression values
                                         从原料Illumina的探针强度表达式的值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Goes from raw Illumina probe intensities to expression values
从原料Illumina的探针强度的表达式值


用法----------Usage----------


lumiExpresso(lumiBatch, bg.correct = TRUE, bgcorrect.param = list(method='bgAdjust'), variance.stabilize = TRUE,
        varianceStabilize.param = list(), normalize = TRUE, normalize.param = list(), QC.evaluation = TRUE,
        QC.param = list(), verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：lumiBatch
a LumiBatch object, which can be the return of lumiR  
1 LumiBatch对象，它可以是在的lumiR回报


参数：bg.correct
a boolean to decide whether to do background correction or not  
一个布尔值来决定是否做背景校正或不


参数：bgcorrect.param
a list of parameters of lumiB  
列表中的参数lumiB


参数：variance.stabilize
a boolean to decide whether to do variance stabilization or not  
一个布尔值来决定是否做方差稳定或不


参数：varianceStabilize.param
a list of parameters of lumiT  
列表中的参数lumiT


参数：normalize
a boolean to decide whether to do normalization or not  
一个布尔值来决定是否做标准化或不


参数：normalize.param
a list of parameters of lumiN  
列表中的参数lumiN


参数：QC.evaluation
a boolean to decide whether to do quality control estimation before and after preprocessing  
一个布尔值来决定是否做预处理前后的质量控制估计


参数：QC.param
a list of parameters of lumiQ  
列表中的参数lumiQ


参数：verbose
a boolean to decide whether to print out some messages  
一个布尔值，决定是否打印出一些消息


Details

详情----------Details----------

The function is to encapsulate the major functions of Illumina preprocessing. It is organized in a similar way as the expresso function in affy package.
该功能是封装Illumina的预处理的主要职能。 expressoaffy包的功能，它以类似的方式举办。


值----------Value----------

return a processed LumiBatch object. The operation history can be track in the history slot of the object.
返回加工LumiBatch对象。操作的历史可以追踪对象的历史插槽。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参见----------See Also----------

lumiB, lumiT, lumiN
lumiB，lumiT，lumiN


举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## Do all the default preprocessing in one step[＃一个步骤中的所有默认预处理]
lumi.N <- lumiExpresso(example.lumi)

## Do customized preprocessing. No variance stabilizing or log transform, use Quantile normalization.[＃做定制的预处理。没有变异稳定或log的转变，使用分量标准化。]
lumi.N <- lumiExpresso(example.lumi, variance.stabilize=FALSE, normalize.param = list(method='quantile'))


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