R语言 lumi包 estimateMethylationBG()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

estimateMethylationBG(lumi)
estimateMethylationBG()所属R语言包：lumi

                                         Estimate the background levels of Illumina Infinium methylaton microarrays
                                         估计Illumina的的Infinium methylaton芯片的背景水平

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate the background levels of Illumina Infinium methylaton microarrays. It is called by function bgAdjustMethylation
估计Illumina的的Infinium methylaton芯片的背景水平。它被称为函数bgAdjustMethylation


用法----------Usage----------


estimateMethylationBG(methyLumiM, separateColor = FALSE, nbin = 1000)



参数----------Arguments----------

参数：methyLumiM
a MethyLumiM object or any eSet object with "methylated" and "unmethylated" data matrix element in the assayData slot  
1 MethyLumiM对象或任何与“甲基化”和“甲基化”矩阵元素数据在assayData插槽ESET对象


参数：separateColor
determine whether to separately process two color channels
确定是否单独处理两色通道


参数：nbin
the number of bins in the histogram used to estimate the mode position of the density  
箱数直方图来估计密度的模式位置


Details

详情----------Details----------

When the controlData includes the negative control probe information, the background estimation will be the median of the negative control probes. Red and Green color channels will be estimated separately.
当的controlData包括阴性对照探针信息，背景估计将是阴性对照探针的中位数。红色和绿色通道将分别估计。

In the case the negative control data is not available, the background will be estimated based on the mode positions of unmethylated or methylated distribution (the smaller one). The assumption is that the lots of CpG sites are unmethylated, which results in a density mode of the intensities measured by methylated probes. The position of this mode represents the background level.
阴性对照数据不可用的情况下，将背景估计的基础上甲基化或甲基化分布（小）模式位置。假设是，甲基化CpG位点的地段，这会导致在甲基化的探针测量的强度，密度模式。在这种模式下的位置，代表本底水平。


值----------Value----------

a vector of estimated background levels for individual samples.
个别样本估计背景水平的向量。


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See Also lumiMethyB and bgAdjustMethylation
lumiMethyB和bgAdjustMethylation


举例----------Examples----------


data(example.lumiMethy)
estimatedBG = estimateMethylationBG(example.lumiMethy)
estimatedBG

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