R语言 lumi包 detectOutlier()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

detectOutlier(lumi)
detectOutlier()所属R语言包：lumi

                                         Detect the outlier sample (or gene)
                                         检测离群样本（或基因）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Detect the outlier sample (or gene) based on distance to the cluster center
基于距离的离群样本（或基因）检测到聚类中心


用法----------Usage----------


detectOutlier(x, metric = "euclidean", standardize = TRUE, Th = 2, ifPlot = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
a LumiBatch object, ExpressionSet object or a matrix with each column corresponding to a sample or other profile  
1 LumiBatch对象，ExpressionSet的对象或一个矩阵，每一列对应的样品或其他个人资料


参数：metric
the distance matric
距离基质


参数：standardize
standardize the profile or not  
规范的个人资料或不


参数：Th
the threshold of outlier,   
离群的阈值，


参数：ifPlot
to plot the result (as a hierarchical tree) or not  
绘制结果（分层树）或不


Details

详情----------Details----------

The current outlier detection is based on the distance from the sample to the center (average of all samples after removing 10 percent samples farthest away from the center). The assumption of the outlier detection is that there is only one single cluster and the distance from the sample to the center is Gaussian distributed.
当前的异常检测的基础上，从样品到中心的距离（所有样品的平均中心距离最远的从10％的样品取出后）。异常检测的假设是，只有一个单一聚类和从样品到中心的距离是高斯分布。

The outlier is detected when its distance to the center is larger than a certain threshold. The threshold is calculated as Th * median distances to the center.
到中心的距离大于某一阈值时，检测离群值。阈值计算的Th *中心的平均距离。

The profile relations can be visualized as a hierarchical tree.
配置文件的关系，可以想像作为一个层次树。


值----------Value----------

Plot the results or        return the outlier (a logic vector) with the distance matrix and threshold as attributes.
绘制的结果或离群值（逻辑向量）与距离矩阵和阈值作为属性返回。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参见----------See Also----------

lumiQ
lumiQ


举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## detect the outlier (Further improvement needed.)[＃检测离群值（需要进一步改善。）]
temp <- detectOutlier(example.lumi, ifPlot=TRUE)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。